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标题: 判断·OH加成2-甲基苯酚的位置 [打印本页]

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-7 16:57
标题: 判断·OH加成2-甲基苯酚的位置
各位老师好，我是一个刚学不久的新手，最近在尝试分析判断·OH加成2-甲基苯酚的位置。目前我的想法是分别找苯环上的六个点的过渡态，进行IRC反应路径分析，根据活化能以及焓变判断。
疑问1：这种判断方式是否合理？
疑问2：是否有其他方法可以辅助判断或者分析这种反应机理？
请各位老师指点，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-7 17:01
我怀疑这个反应以HAT为主吧，加成很难竞争过HAT

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-7 17:19

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:01
我怀疑这个反应以HAT为主吧，加成很难竞争过HAT

是的老师，不过我做分子动力学模拟时确实发现了有少量加成·OH的现象。我考虑结合ESP与ALIE分析一下，老师您看这样是否可以，或者可以利用其他的分析方法吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-7 17:46

li13322387156 发表于 2023-11-7 10:19
是的老师，不过我做分子动力学模拟时确实发现了有少量加成·OH的现象。我考虑结合ESP与ALIE分析一下，老 ...

那你统计分子动力学轨迹里面加成到不同位置的比例不就行了，这可能比找过渡态还可靠

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-7 19:14

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:46
那你统计分子动力学轨迹里面加成到不同位置的比例不就行了，这可能比找过渡态还可靠

对哦，老师您提醒我了，但是老师您看我从ESP与ALIE角度根据反应位点分析合适吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-7 20:16

li13322387156 发表于 2023-11-7 12:14
对哦，老师您提醒我了，但是老师您看我从ESP与ALIE角度根据反应位点分析合适吗

如果要解释加成位点为什么是你观察到的位点，可以。但更重要的是看各个位点的自由基加成活性的指标，例如福井函数f0

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-7 20:48

wzkchem5 发表于 2023-11-7 20:16
如果要解释加成位点为什么是你观察到的位点，可以。但更重要的是看各个位点的自由基加成活性的指标，例如 ...

好的我去试试，谢谢老师

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-8 08:16

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:01
我怀疑这个反应以HAT为主吧，加成很难竞争过HAT

老师我想请教个问题是如果我们判断苯环上脱氢反应的难易程度，可以直接利用苯环上C-H键的解离能大小比较吗

作者
Author: beidiwu 时间: 2023-11-8 09:39
羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是鉴定反应位点，其实是评估目标化合物的哪一个位点更容易反应。
从经验来看，酚类化合物更倾向在酚羟基的邻位和对位发生反应。
也可以用福井函数（fukui index）进行分析，简单且准确，卢老师的multiwfn软件教程里有介绍的。

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-8 13:40

beidiwu 发表于 2023-11-8 09:39
羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是 ...

好的谢谢老师，我着重去看看福井函数

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2023-11-8 14:31

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:46
那你统计分子动力学轨迹里面加成到不同位置的比例不就行了，这可能比找过渡态还可靠

老师，请问这种分子动力学建议用什么软件来跑呢？gaussian的BOMD吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-8 16:53

嘤嘤嘤发表于 2023-11-8 07:31
老师，请问这种分子动力学建议用什么软件来跑呢？gaussian的BOMD吗？

用orca或cp2k

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-8 16:59

beidiwu 发表于 2023-11-8 02:39
羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是 ...

请教一下，羟基自由基和酚的反应也是加成到酚的苯环上，而不是夺取酚羟基氢吗？
我知道最终的氧化产物确实是对位或邻位的二酚或者醌，但是反应机理是第一分子羟基先加成到苯环上，第二分子羟基再夺取C-H氢吗？还是第一分子羟基先夺取酚羟基氢，自由基离域到苯环上，第二分子羟基再和这个离域自由基复合，然后烯醇-酮互变异构？
起码对于维生素E，第一步反应是夺取羟基氢而非加成到苯环上（https://en.wikipedia.org/wiki/Vitamin_E）。不过当然维生素E的所有苯环位点都被取代了，所以也未必有代表性

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2023-11-8 19:12

wzkchem5 发表于 2023-11-8 16:59
请教一下，羟基自由基和酚的反应也是加成到酚的苯环上，而不是夺取酚羟基氢吗？
我知道最终的氧化产物确 ...

老师，难道不是算个能垒就能判断哪个更容易吗？我可能思考的有点简单

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-8 20:58

嘤嘤嘤发表于 2023-11-8 12:12
老师，难道不是算个能垒就能判断哪个更容易吗？我可能思考的有点简单

对，但是问人还是比算更快。。。另外要算得准的话还得考虑隧穿，那个可能不是一时半会能出结果的

作者
Author: Guantsian 时间: 2023-11-10 09:45
本帖最后由 Guantsian 于 2023-11-10 09:46 编辑

提供个参考，Chemico-Biological Interactions 373 2023 110395 (DOI: 10.1016/j.cbi.2023.110395)
这篇文献里3.1.2节，用的就是Fukui函数，判断HOO自由基和一种蒽酚的RAF反应位点

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-10 11:45

Guantsian 发表于 2023-11-10 09:45
提供个参考，Chemico-Biological Interactions 373 2023 110395 (DOI: 10.1016/j.cbi.2023.110395)
这篇文 ...

好的谢谢老师，我现在去看看

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2023-11-17 10:53

li13322387156 发表于 2023-11-7 17:19
是的老师，不过我做分子动力学模拟时确实发现了有少量加成·OH的现象。我考虑结合ESP与ALIE分析一下，老 ...

请问您的分子模拟用啥跑的啊？

作者
Author: li13322387156 时间: 2023-11-18 10:48

嘤嘤嘤发表于 2023-11-17 10:53
请问您的分子模拟用啥跑的啊？

我是用lammps跑的

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2023-11-18 11:52

li13322387156 发表于 2023-11-18 10:48
我是用lammps跑的

好的，谢谢

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