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标题: IGM采用vmd可视化看不见相互作用 [打印本页]

作者
Author: LIdm 时间: 2023-11-7 17:54
标题: IGM采用vmd可视化看不见相互作用
本帖最后由 LIdm 于 2023-11-7 18:22 编辑

老师们好，当采用source IGM inter.vmd模式时，分子间没有看不见相互作用力，但采用source IGM intra .vmd会显示出相互作用力，但相互作用点已经偏离了两分子中心，不是所设想的结构
想请问下老师，这会是什么原因导致的
还有就是摆放的位置会对相互作用分析有影响吗，

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 17:57
不知道你具体怎么在Multiwfn里操作的，没法回答
先把例子完整做一遍确保操作无误
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

作者
Author: LIdm 时间: 2023-11-7 18:23

sobereva 发表于 2023-11-7 17:57
不知道你具体怎么在Multiwfn里操作的，没法回答
先把例子完整做一遍确保操作无误
通过独立梯度模型(IGM) ...

Multiwfn + Vmd 可视化弱相互作用：
1.生成 .molden.input 文件
2.拖入multiwfn
3.20 //可视化弱相互作用
4.10/11
5.1/2 //输入片段数
6.确定每个片段的所有原子序号
7.4// 用于定义网格间距—0.15（3//高质量网格）
8.4//显示网格数据的等值面
9.1//
10.0.005 //等值大小
11.3//输出文件到当前文件夹 .cub x4
12.Sl2r.cub拖入Vmd，并把multiwfn 中的IGM_inter.vmd和IGM_intra.vmd（examples）拖入Vmd
13.打开vmd ，输入source IGM_inter.Vmd（分子间）或source IGM_intra.Vmd（分子内）
14.一般情况下等值为0.01 a.u.，若减小等值大小可以看到更弱的相互作用
15.可以更改颜色刻度

社长我是按照这个方式，用的freq后的.gbw转换的molden

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 18:42
上传压缩后的molden文件，Multiwfn里输入的所有命令一行不差都贴出来

另外，有波函数信息的情况下，强烈建议用IGMH而非IGM
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

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