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标题: 同种单分子通过不同堆积方式形成的两种晶体，一个发强荧光，一个弱荧光，如何计算原因 [打印本页]

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-9-21 22:25
标题: 同种单分子通过不同堆积方式形成的两种晶体，一个发强荧光，一个弱荧光，如何计算原因
同一种单分子通过不同堆积方式形成的两种晶体，一个发强荧光，一个发弱荧光，能否通过高斯计算原因？高斯可以算堆积分子么？单晶物质荧光发射的强弱怎么计算？若是从直接带隙间接带隙入手的话是不是得用VASP计算能带结构才可以？有百度到说高斯里用TD－DFT－TB（TD DFT－based tight－binding）可算团簇的光学带隙（optical gap），和我这个问题有关嘛？还有就是怎么计算单晶的发射啊？真的是一头雾水。。。。

有没有大神来指点一二，万分感谢啊！！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-22 01:20
百度上的信息净胡说八道。学术问题不要用百度，否则必被坑
Gaussian支持DFTB，但没有所谓的TD-DFT-TB一说。Gaussian能做TDDFT，算荧光看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
可尝试截取团簇模型，通过计算荧光的振子强度说明强弱原因。

吸收或荧光的强弱跟激发能、发射能没直接关系。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-9-22 07:48
我感觉，可以用QMMM的方式来做。你这个发弱荧光的，是不是分子的平面性比较好，是分子间的π-π堆积？

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-9-22 22:29

小范范1989 发表于 2016-9-22 07:48
我感觉，可以用QMMM的方式来做。你这个发弱荧光的，是不是分子的平面性比较好，是分子间的π-π堆积？

恩恩，是说pi-pi堆积导致的荧光淬灭，这个可以算么？发强弱荧光的两种晶体单分子结构是一样的，堆积方式不同，所以我在想是不是需要算两种不同晶体的一些什么性质，比如说带隙？但据我所知，高斯不能算单晶，师兄说的这个QMMM gaussian09可以算么？我大概查了一下这个方法是不是一般算蛋白质大分子的？

作者
Author: wbn 时间: 2016-9-23 00:33
讨论一下，我没做过团簇计算，仅提供下个人看法，不一定对。这两种晶体的荧光波长大概相同吗？你有没有它们的x-ray晶体结构？如果你确定是self-quenching的话，我觉得从晶体中取出几个分子算一下tddft,比较一下两种晶体的electron transfer 态和local excited 态的振子强度差不多就说明问题了...

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-23 10:19

珊珊来迟发表于 2016-9-22 22:29
恩恩，是说pi-pi堆积导致的荧光淬灭，这个可以算么？发强弱荧光的两种晶体单分子结构是一样的，堆积方式 ...

荧光强弱跟带隙无关，这仅仅是能量差，衡量荧光强度的是振子强度，我上面的回复和博文里说了。

迫不得已甭进QMMM的坑，直接算大团簇搞不动就用混合基组足够解决问题。

Gaussian支持ONIOM，能以特殊方式等效实现QMMM

QMMM用处不仅限于生物分子，只不过在这场合用处比较大

Gaussian能算晶体，但对三维周期性慢到爆，没实用性，而且算周期性时也算不了激发态。所以你若用量化程序，让你截取团簇来算。

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-9-24 16:02

sobereva 发表于 2016-9-23 10:19
荧光强弱跟带隙无关，这仅仅是能量差，衡量荧光强度的是振子强度，我上面的回复和博文里说了。

迫不 ...

恩恩，明白了老师。谢谢sob老师的耐心解答~老板只是说两种晶体一个直接带隙，一个间接带隙，我的理解是直接带隙电子跃迁更容易，发光更强一些，所以想说用VASP算晶体的能带结构，判断直接带隙间接带隙，，还有老师，还是不太明白截取团簇分子来算是什么意思？是按晶体中显示的单分子排列方式来摆分子结构？输入文件中需要什么特别关键词的设置么？方法还用tddft可以么？基组怎么选择呢？

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-9-24 16:16

wbn 发表于 2016-9-23 00:33
讨论一下，我没做过团簇计算，仅提供下个人看法，不一定对。这两种晶体的荧光波长大概相同吗？你有没有它们 ...

荧光波长相差不是很多，晶体结构是有的，两种晶体中的单分子是相同的，只是堆积方式不同，请问要怎么从晶体中取分子来算呢？我现在已经用tddft算了这个单分子的electron transfer 态和local excited 态的振子强度

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-24 19:36

珊珊来迟发表于 2016-9-24 16:02
恩恩，明白了老师。谢谢sob老师的耐心解答~老板只是说两种晶体一个直接带隙，一个间接带隙，我的理解是直 ...

把素晶胞适当平移复制成复晶胞，去掉周期性，删掉多余分子，得到一个分子团簇。论坛里分子团簇讨论太多了，一搜一堆。
量化程序算周期性很不适合，所以量化程序对于周期性问题大多都是用团簇模型当孤立体系来算。
TDDFT可以
基组选择看
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-3-7 15:56

sobereva 发表于 2016-9-23 10:19
荧光强弱跟带隙无关，这仅仅是能量差，衡量荧光强度的是振子强度，我上面的回复和博文里说了。

迫不 ...

社长大大，请问有没有软件可以算周期性体系的激发态？还有dalton程序算荧光与高斯算荧光相比，这两个程序的各自优势是什么？谢谢社长大大解答

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-7 17:39

zhongyuabc 发表于 2018-3-7 15:56
社长大大，请问有没有软件可以算周期性体系的激发态？还有dalton程序算荧光与高斯算荧光相比，这两个程序 ...

CASTEP可以
算荧光就用高斯就完了，Dalton唯一优势也就是免费了，图免费还不如用ORCA

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-3-8 09:32

sobereva 发表于 2018-3-7 17:39
CASTEP可以
算荧光就用高斯就完了，Dalton唯一优势也就是免费了，图免费还不如用ORCA

谢谢社长大大，既然castep可以算周期性激发态，那是否可以用castep得到荧光发射光谱和发射机理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-8 16:22

zhongyuabc 发表于 2018-3-8 09:32
谢谢社长大大，既然castep可以算周期性激发态，那是否可以用castep得到荧光发射光谱和发射机理呢？

应该可以。
周期性的激发态这块我关注不多，更具体的你可以问第一性原理版的卡开发发

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2018-3-8 19:10

sobereva 发表于 2018-3-8 16:22
应该可以。
周期性的激发态这块我关注不多，更具体的你可以问第一性原理版的卡开发发

好的，谢谢社长

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