计算化学公社

标题: 求助：Amber进行MMGBSA计算时CalcError:failed with prmtop [打印本页]

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Author: 氯酸钡 时间: 2023-11-7 19:41
标题: 求助：Amber进行MMGBSA计算时CalcError:failed with prmtop
本帖最后由氯酸钡于 2023-11-7 19:53 编辑

创建complex、receptor和ligand命令：

ante-MMPBSA.py -p com1_2QRZ.prmtop --radii mbondi2 -s ":WAT,Na+,MG" -c com_2QRZ.prmtop -r receptor_2QRZ.prmtop -n ":GTP" -l GTP_2QRZ.prmtop

复制代码

运行命令：

MMPBSA.py -O -i mmgbsa_2QRZ.in -o test_RESULT.dat -cp com_test.prmtop -rp receptortest.prmtop -lp GTPtest.prmtop -y test_2QRZ.nc

复制代码

创建轨迹文件命令：
parm 2qrzWT_solvent.prmtop
trajin md3.nc 24980 last 1
trajin md4.nc 0 10 1
autoimage
strip :WAT,Na+,MG
trajout test_2QRZ.nc

报错：
File "/lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/bin/MMPBSA.py.MPI", line 100, in <module>
app.run_mmpbsa()
  File "/lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa
self.calc_list.run(rank, self.stdout)
  File "/lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run
calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr)
  File "/lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 375, in run
Calculation.run(self, rank, stdout=self.output)
  File "/lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run
self.prmtop))
CalcError: /lustre/home/acct-phazyx/phazyx/Amber20/Amber/amber20_src/bin/cpptraj failed with prmtop com.prmtop!
Error occured on rank 54.
Exiting. All files have been retained.

版本是amber20，python2.7
网上搜到的大部分答案都无法解决，求赐教
文件已附（轨迹取了30帧）

作者
Author: zfzhao 时间: 2024-6-14 15:07
老师，您好，请问您计算MMGBSA的这个错误有解决吗，他是什么原因导致的，解决办法是？？

作者
Author: Huschein 时间: 2024-6-14 19:17
我记得会有详细的log还是out输出吧，那个里面的会记载更详细的失败原因，光看这个看不出来

作者
Author: Sagaf 时间: 2025-6-17 13:37
我遇到了同一个报错，igb为2的时候正常计算，换别的就报错，最后是生成复合物的拓扑文件时指定了set default PBRadii mbondi2，然后再用这个到处的拓扑文件生成受体和配体的对应文件，然后计算就正常进行了。

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