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标题: 伞型采样得到的两个小分子之间接触的PMF曲线很奇怪 [打印本页]

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Author: 社会主义小战士 时间: 2023-11-7 20:21
标题: 伞型采样得到的两个小分子之间接触的PMF曲线很奇怪
各位前辈大家好！
最近我想用GROMACS的伞型采样来算两个小分子之间接触的PMF。
以下是我的体系及参数设置：

1. 真空
2. 盒子大小 10 nm X 10 nm X 10 nm
3. 采样间隔：0.02 nm
4. 窗口数：195
5. PMF MD时长：100 ps
6. K：1000
7. Wham计算命令： gmx wham -it XXX.tpr -if XXX_pullf.xvg -hist -o -unit kJ -bins (a. 13; b. 39; c. 195) -temp 298 -zprof0 -4.5

以下是得到的结果：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
我的疑惑是：
1. 质心最接近的地方PMF没有表现出排斥？
2. bins的正确使用应该是怎样的？
3. 如何得到下图所示这样足够丝滑的图？
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

谢谢各位大佬！还请各位大佬不吝赐教！
谢谢！

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