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标题: 请教立体异构体的对接问题 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2023-11-8 10:35
标题: 请教立体异构体的对接问题
各位老师和前辈，请教一下下面的问题：我要将（2R,3R)-2,3-丁二醇（结构见附图）对接到酶的活性中心，但是对接产生的构象存在其他立体异构体，是不是一定要将（2R,3R)-2,3-丁二醇中所有可旋转键设成不可旋转还是设置其他约束条件？另外有AutoDock Tools查看时，这个简单的小分子结构居然显示有32个键（不太明白，怎么数也没有这么多啊），万望指教！非常感谢！

备注：2,3-丁二醇有3种立体异构体，（2R,3R)-2,3-丁二醇、（2S,3S)-2,3-丁二醇和meso-2,3-丁二醇。

附：（2R,3R)-2,3-丁二醇的mol2格式文件如下：
@<TRIPOS>MOLECULE
225936
16 15 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
   1 O       -0.7996 1.1911 0.7587 O.3    1  UNL1    -0.3895
   2 O          0.8074 -1.1951 0.7526 O.3    1  UNL1    -0.3895
   3 C       -0.6888 0.3479 -0.3861 C.3    1  UNL1       0.0780
   4 C          0.6821 -0.3426 -0.3840 C.3    1  UNL1       0.0780
   5 C       -1.8408 -0.6502 -0.3691 C.3    1  UNL1    -0.0365
   6 C          1.8397 0.6489 -0.3721 C.3    1  UNL1    -0.0365
   7 H       -0.7856 0.9805 -1.2765 H    1  UNL1       0.0616
   8 H          0.7611 -0.9741 -1.2767 H    1  UNL1       0.0616
   9 H       -1.8434 -1.2417 0.5527 H    1  UNL1       0.0255
   10 H       -1.7919 -1.3289 -1.2258 H    1  UNL1       0.0255
   11 H       -2.7992 -0.1203 -0.3991 H    1  UNL1       0.0255
   12 H          1.7608 1.3641 -1.1964 H    1  UNL1       0.0255
   13 H          1.8912 1.1972 0.5744 H    1  UNL1       0.0255
   14 H          2.7928 0.1167 -0.4688 H    1  UNL1       0.0255
   15 H       -0.2227 1.9606 0.6179 H    1  UNL1       0.2099
   16 H          1.6714 -1.6375 0.6946 H    1  UNL1       0.2099
@<TRIPOS>BOND
   1    1    3 1
   2    1 15 1
   3    2    4 1
   4    2 16 1
   5    3    4 1
   6    3    5 1
   7    3    7 1
   8    4    6 1
   9    4    8 1
10    5    9 1
11    5 10 1
12    5 11 1
13    6 12 1
14    6 13 1
15    6 14 1

作者
Author: charmm36 时间: 2023-11-10 15:34
再次麻烦各位前辈指教一下，万分感谢！

作者
Author: abdoman 时间: 2023-11-14 14:26
是不是设置问题。
小分子构象搜索的时候，设置了允许搜索所有构象？

作者
Author: charmm36 时间: 2023-11-19 18:58

abdoman 发表于 2023-11-14 14:26
是不是设置问题。
小分子构象搜索的时候，设置了允许搜索所有构象？

设置的时候是允许搜索所有构象，后来有人说单键的旋转不会导致立体特异性的改变，不知道是真的吗？

作者
Author: abdoman 时间: 2023-11-20 08:40
“单键的旋转不会导致立体特异性的改变” 肯定是不改变的。

作者
Author: charmm36 时间: 2023-11-23 14:42

abdoman 发表于 2023-11-20 08:40
“单键的旋转不会导致立体特异性的改变” 肯定是不改变的。

嗯嗯，好的，谢谢

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