计算化学公社

标题: 求助磷酸氢根动力学模拟空间四面体结构破坏 [打印本页]

作者
Author: Joceeen 时间: 2023-11-8 15:01
标题: 求助磷酸氢根动力学模拟空间四面体结构破坏
在做溶液中磷酸氢根的动力学学模拟时，跑了100ns后，磷酸根开始的四面体结构破坏了（如下图），请问这正常吗？
使用的是amber94力场，磷酸根氢根的top文件参照http://sobereva.com/soft/Sobtop“例1：产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件：力常数全基于Hessian计算得到”

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 15:24
你的原子类型明明是GAFF的，和AMBER94有什么关系？

先说明100ns之前什么样。也可以试试把二面角项去掉看变成什么样

作者
Author: Joceeen 时间: 2023-11-8 15:41

sobereva 发表于 2023-11-8 15:24
你的原子类型明明是GAFF的，和AMBER94有什么关系？

先说明100ns之前什么样。也可以试试把二面角项去掉看 ...

谢谢解答。
跑之前是正常的四面体结构，使用的Gaussian结构优化：#p B3LYP/6-311+G** opt freq scrf=SMD em=GD3BJ
体系中还有钙离子，聚丙烯酸链没有显示；

你的意思是把top文件中的【dihedrals】字段删除吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 15:48

Joceeen 发表于 2023-11-8 15:41
谢谢解答。
跑之前是正常的四面体结构，使用的Gaussian结构优化：#p B3LYP/6-311+G** opt freq scrf=SMD ...

我问的是100ns之前MD的情况，不是问你0ns的时候

显然是

作者
Author: Joceeen 时间: 2023-11-8 16:42

sobereva 发表于 2023-11-8 15:48
我问的是100ns之前MD的情况，不是问你0ns的时候

显然是

我逐帧检查了结构，在0.6ns时就出现了这种不合理的结构。

请问是尝试删除二面角项是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 06:01

Joceeen 发表于 2023-11-8 16:42
我逐帧检查了结构，在0.6ns时就出现了这种不合理的结构。

请问是尝试删除二面角项是吗？

是。如果之后还不行，加大键角力常数再试

作者
Author: Joceeen 时间: 2023-11-16 08:40

sobereva 发表于 2023-11-9 06:01
是。如果之后还不行，加大键角力常数再试

sob你好，删除二面角后md100n后，仍然出现不合理结构。下面想尝试下增大键角力常数。
请问是增大这一列的数值吗？增大多少合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 01:02

Joceeen 发表于 2023-11-16 08:40
sob你好，删除二面角后md100n后，仍然出现不合理结构。下面想尝试下增大键角力常数。
请问是增大这一列 ...

一次增大20%，反复尝试

作者
Author: Joceeen 时间: 2023-11-22 07:43

sobereva 发表于 2023-11-17 01:02
一次增大20%，反复尝试

反馈：将键角力常数提高50%后，结构正常。
谢谢sob老师

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