计算化学公社

标题: 通过acpype.py和RESP.sh脚本生成离子拓扑文件时，电荷和键长数值精度的疑问 [打印本页]

作者
Author: Fr2021 时间: 2023-11-8 15:14
标题: 通过acpype.py和RESP.sh脚本生成离子拓扑文件时，电荷和键长数值精度的疑问
本帖最后由 Fr2021 于 2023-11-8 15:14 编辑

参照以下sob老师的方法生成了所需的离子的itp文件:

1.
gv画出NO3-离子，另存为mol2文件
./acpype.py -i NO3-.mol2 -n -1
*****************************************************
-n NET_CHARGE, --net_charge NET_CHARGE
*****************************************************
关于acpype报错找不到mopac.sh的问题
3185行的mopac直接改成sqm
*****************************************************
复制 NO3-.acpype/NO3-_GMX.itp，改名为NO3-.itp

2.
./RESP.sh ./NO3-.mol2 -1 1

如果净电荷和自旋多重度不写，则分别默认为0和1。如果溶剂名不写，默认为water，如果写gas，则在真空下计算。
Multiwfn 另存为 NO3-.pdb (100 > 2 > -1)
gv打开 NO3-.pdb/NH4+.pdb/SO42-.pdb ，点选相应两个原子，即可在底部看到键长：1.2525 nm（始终取最短键长？）
三个氧原子的电荷取平均值为：0.670164389

3.
修改NO3-.itp
[ bonds ]后面将相应键长改为：1.2525 e-01
[ atoms ]的charge一栏改为：0.670164

发现和sob老师的示例文件的电荷和键长数值略有偏差：

问题：
1. 例如NO3-，通过RESP.sh得到的三个N-O键长存在差异，取平均还是挑一个接近文献的
2. 按照当前步骤，担心电荷和键长数值的差异是否合理

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-8 15:21
强烈建议用sobtop产生拓扑文件。acpype已经过时了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 35)

(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: Fr2021 时间: 2023-11-8 17:15

sobereva 发表于 2023-11-8 15:21
强烈建议用sobtop产生拓扑文件。acpype已经过时了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www. ...

感谢sob老师，果然sobtop更好
但是Multiwfn的Measure geometry功能在输入原子序号（只输入了对应数字），然后就消失了没有返回结果

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 06:04

Fr2021 发表于 2023-11-8 17:15
感谢sob老师，果然sobtop更好
但是Multiwfn的Measure geometry功能在输入原子序号（只输入了对应数字） ...

确保用的是Multiwfn最新版本

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)