计算化学公社

标题: cp2k 使用CI-NEB计算过渡态报错Cholesky decomposition failed. Matrix ill condit... [打印本页]

作者
Author: shaozhuang 时间: 2023-11-8 17:12
标题: cp2k 使用CI-NEB计算过渡态报错Cholesky decomposition failed. Matrix ill condit...
老师们好！我在用CP2K使用CI-NEB计算Xe原子在SiC相邻两个八面体间隙之间的过渡态，始末结构已经优化过了，用sobNEB生成了32个副本，每个副本分配6个线程，multiwfn生成的NEB.inp，但是刚开始运行的时候报了这个Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?错误，用的192核的服务器跑的，试着用了不同版本的cp2k, popt ,psmp 都是这样，后来尝试改变计算级别由原来的PBE+DFT-D3(BJ)改成GFN1-xTB大概跑了17步还是出现了这个问题，不知道该如何解决？下边是我的输入文件，输出文件和始末结构，还有sobNEB生成的副本。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 19:08
改用对角化代替OT试试

插点没必要那么多，过于昂贵

随便看了下10.xyz，Xe与Si离得太近，本来Xe的半径就很大，这可能会造成数值问题。尝试重新产生插点，尽可能避免原子间过近距离出现。

作者
Author: shaozhuang 时间: 2023-11-16 14:15

sobereva 发表于 2023-11-9 19:08
改用对角化代替OT试试

插点没必要那么多，过于昂贵

社长，我用了对角化，最后跑出来的结果过渡态的能量比始末要低，是不是没有过渡态或者是路径上应该有中间态呀，而且我看了一下BAND.out，发现每个点都没有达到收敛的条件，是我反应路径选的不对么

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 01:07

shaozhuang 发表于 2023-11-16 14:15
社长，我用了对角化，最后跑出来的结果过渡态的能量比始末要低，是不是没有过渡态或者是路径上应该有中间 ...

不一定没过渡态，但至少当前NEB轨迹对应的路径没过渡态。可以用中间那个结构做个几何优化，看看能跑到什么结构，然后再考虑是否有其它路径、过渡态的可能

作者
Author: shaozhuang 时间: 2023-11-17 11:12

sobereva 发表于 2023-11-17 01:07
不一定没过渡态，但至少当前NEB轨迹对应的路径没过渡态。可以用中间那个结构做个几何优化，看看能跑到什 ...

好的老师，是不是所有band的4个收敛条件都达到，结果才算准确呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 12:43

shaozhuang 发表于 2023-11-17 11:12
好的老师，是不是所有band的4个收敛条件都达到，结果才算准确呢

也不是非得那么苛刻
从能量上看，变化很小时就基本可以当做收敛
而且从实际用途上来说，NEB的每个点也不需要像几何优化那样收敛得很精确，只要NEB轨迹能把反应路径正确描绘出来就够了

作者
Author: shaozhuang 时间: 2023-11-20 15:36

sobereva 发表于 2023-11-17 12:43
也不是非得那么苛刻
从能量上看，变化很小时就基本可以当做收敛
而且从实际用途上来说，NEB的每个点也 ...

谢谢老师，重新找了一个路径结果正常了，我想问老师，cp2k 用AIMD通过MSD算Xe间隙原子在SiC中的扩散系数是不是等同于相同情况下用CI-NEB通过设置几个可能的扩散路径求得的几个相应的扩散系数的平均呢？AIMD是不是需要模拟够长的时间才能体现出来这个平均（对于那些扩散系数小的原子）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-21 01:48

shaozhuang 发表于 2023-11-20 15:36
谢谢老师，重新找了一个路径结果正常了，我想问老师，cp2k 用AIMD通过MSD算Xe间隙原子在SiC中的扩散系数 ...

CI-NEB并不给你扩散系数，这是静态的计算
顶多是用AIMD跑出来的扩散系数折算出来的活化能和CI-NEB计算的势垒相对比
想算准扩散系数，而且被计算的对象在体系中数目很少甚至就1个的情况、扩散势垒本身又相对较高的情况，需要相当相当长时间的MD才靠谱。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)