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标题: 求助gromacs做蛋白和MOF片的md，材料跑到盒子外面，材料也有挤压的现象 [打印本页]

作者
Author: hanlu 时间: 2023-11-8 22:03
标题: 求助gromacs做蛋白和MOF片的md，材料跑到盒子外面，材料也有挤压的现象
求助：做的体系是蛋白和MOF片，蛋白和MOF片相距1nm左右，前期能量最小化（em.mdp）和限制性动力学（pr.mdp）看结构文件都是合适，跑MD之后看轨迹不是很好，材料跑车盒子外面，材料也有挤压的现象，不知道哪里出现问题，求助各位大佬的帮助！

下面是三个mdp文件，希望各位大佬帮忙看看

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 18:23
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “求助gromacs md求助” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 18:27
这种问题光提供mdp没用，问题几乎一定是拓扑文件及其里面的参数问题，仔细检查合理性。并且在跑MOF+蛋白质+水之前先把MOF+水的这种简单体系跑成功了再说

另外，MOF就那么一薄片，整体结构本来可能就难以维持。可以加上限制势强行维持形态，此时MOF内的成键相关参数是否合理就无所谓了

作者
Author: hanlu 时间: 2023-11-9 20:27

sobereva 发表于 2023-11-9 18:23
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反 ...

好的，谢谢老师，我下次会注意，你写的更能让大家看到

作者
Author: hanlu 时间: 2023-11-9 20:29
标题: 求助gromacs做蛋白和MOF片的md，材料跑到盒子外面，材料也有挤压的现象
本帖最后由 hanlu 于 2023-11-9 20:38 编辑

sobereva 发表于 2023-11-9 18:27
这种问题光提供mdp没用，问题几乎一定是拓扑文件及其里面的参数问题，仔细检查合理性。并且在跑MOF+蛋白质+ ...

谢谢老师，我材料跑MD是可以的，提前跑过的，那老师能看一下我材料的文件和拓扑文件，麻烦老师了

作者
Author: hanlu 时间: 2023-11-10 08:55

hanlu 发表于 2023-11-9 20:29
谢谢老师，我材料跑MD是可以的，提前跑过的，那老师能看一下我材料的文件和拓扑文件，麻烦老师了

谢谢老师!

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