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标题: 分子大约五十个原子，如何利用molclus产生二聚体初始构型呢？ [打印本页]

作者
Author: qyl 时间: 2023-11-9 16:58
标题: 分子大约五十个原子，如何利用molclus产生二聚体初始构型呢？
利用genmer结合molclus可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 17:26
按下文直接产生就完了
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

倘若你担心genmer产生的初始结构对单分子构象采样考虑不充分，基于动力学方式产生traj.xyz，参考里面的例子
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: qyl 时间: 2023-11-9 18:33
谢谢老师，那我利用genmer生成二聚体初始构型时多少个比较合适呢？尽量可以防止漏掉极小点构型。需要把单分子的所有构型都产生一批二聚体吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-9 18:52
另外注意质子化状态问题，视溶剂以及聚集体构型而定，羧基上的质子很可能会转移到氮原子上，但也未必所有氮原子都会被质子化

作者
Author: qyl 时间: 2023-11-9 19:10

wzkchem5 发表于 2023-11-9 18:52
另外注意质子化状态问题，视溶剂以及聚集体构型而定，羧基上的质子很可能会转移到氮原子上，但也未必所有氮 ...

谢谢老师，那我利用genmer生成二聚体初始构型时多少个比较合适呢？尽量可以防止漏掉极小点构型。需要把单分子的所有构型都产生一批二聚体吗？

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