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标题: GROMACS模拟退火问题 [打印本页]

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Author: Wenchuan 时间: 2023-11-10 11:45
标题: GROMACS模拟退火问题
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-11-10 11:47 编辑

1、通过设置
annealing_npoints = 5 5；
annealing_time = 0 10000 20000 30000 80000 0 10000 20000 30000 80000；
annealing_temp = 298 358 358 298 298 298 358 358 298 298；
直接一次8000ps模拟退火过程。

2、设置
annealing_npoints = 4 4；
annealing_time = 0 10000 20000 30000 0 10000 20000 30000；
annealing_temp = 298 358 358 298 298 358 358 298；
先模拟4000ps，然后用cpt文件接着用恒温298k模拟4000ps，分两次模拟退火过程。
模拟问题为气体吸附，两原子间的相互作用能如下
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红色是直接一次模拟的结果，黑色是分两次模拟拼接的结果。按道理两者应相同，但是4000ps后的结果却不同，分两次模拟的第一次模拟最后达到298K后，吸附似乎平衡了，但未达到初始平衡状态，第二次接上次模拟保持恒温298K，吸附又开始增加，直到与初始平衡状态相同。而直接一次模拟的结果一直达不到初始平衡状态，达到298K恒温后吸附就停止了。
控压方式为Berendsen，恒压，控温方式为V-rescale。
单次模拟4000ps后发现盒子不再发生大的变化，但是此时吸附并未达到平衡，应该继续吸附，盒子应该减小。而分两次模拟的第二次模拟，盒子由于气体被吸附确实会逐渐减小。
直接一次模拟，盒子会由于脱附导致的压力增大而膨胀，但后面由于吸附导致的压力减小时，盒子的收缩过程似乎不灵敏。而分两段模拟，第二段由于吸附导致的压力减小时盒子会很快收缩。
所以对于NPT模拟气体吸附，不同退火过程是不是应该分段模拟，而不能直接一次模拟？

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