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标题: 分子动力学模拟方法和软件求助 [打印本页]

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Author: lei234 时间: 2023-11-11 11:22
标题: 分子动力学模拟方法和软件求助
最近有个体系想看下分子的运动过程，用高斯结构优化看到了优化过程中的分子运动，打算找个MD看看，试了AIMD要么跑不动要么观察不到分子的运动了，整个体系基本没有啥变化。像Forcite这种分子数又太多，观察不到个别分子的运动状态。所以想有没有什么类似AIMD但是运算速度很快的动力学模拟方法和软件，希望大家能帮忙推荐推荐，在此谢过！

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Author: 含光君 时间: 2023-11-11 12:36
本帖最后由含光君于 2023-11-11 20:39 编辑

首先结构优化并不能称之为分子的“运动”，opt过程没有时间和速度信息在里边。

据你描述，你想模拟一个大体系但要观察到个别分子的运动。但具体多大以及许多其他细节应该在问题中交代清楚，有些过大的体系本来AIMD就算不动。
比如：

试了AIMD要么跑不动要么观察不到分子的运动了

你跑了多久AIMD，观察不到分子运动？

Forcite这种分子数又太多，观察不到个别分子的运动状态

这样的问题也完全不存在，观察轨迹时调节显示内容就好了。

所以想有没有什么类似AIMD但是运算速度很快的动力学模拟方法和软件

如果你只是跑着玩，用不着追求很高精度。在cp2k用xtb跑一个就足够，或是gmx或lammps跑经典MD也可。

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Author: reid 时间: 2023-11-11 12:53
如果是孤立体系，仅仅是观察分子相对运动，直接用xtb跑跑就行

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Author: sobereva 时间: 2023-11-13 21:46
先说清楚是什么分子
简单的有机分子直接在Chem3D里跑动力学就完了，<15秒钟就设置好，动画直接可视化，再简单不过

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Author: lei234 时间: 2023-11-16 10:04

sobereva 发表于 2023-11-13 21:46
先说清楚是什么分子
简单的有机分子直接在Chem3D里跑动力学就完了，

高分子加有机分子可以吗？600个原子左右

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Author: sobereva 时间: 2023-11-17 01:03

lei234 发表于 2023-11-16 10:04
高分子加有机分子可以吗？600个原子左右

如果你就跑很短的时间，那还凑合。长时间的话Chem3D效率太低，可以用xtb在GFN-FF级别下跑

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