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标题: 求助：Gromacs模拟钴酸锂固液界面问题 [打印本页]

作者
Author: xjw 时间: 2023-11-11 14:04
标题: 求助：Gromacs模拟钴酸锂固液界面问题
老师好，我想做一个关于钴酸锂正极和电解液的固液界面的模拟，但是好像没看到钴酸锂的力场（结构如下图一），我在谷歌查到一篇关于钴酸锂的文章，他们用的UFF力场，但是好像只有原子对的力场参数（图二），没有看到键的参数，这个时候可以不加键和二面角参数嘛？或者各位老师又看到过钴酸锂的力场嘛

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-11-13 11:38
这也不是LJ形式的非键作用啊，这公式明摆着是Buckingham的形式

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-13 21:48
取决于具体问题和研究目的，很可能直接CP2K跑DFT的AIMD是最佳选择，用起来容易还不用折腾参数

如果必须用力场，且你不打算考虑钴酸锂结构的变化，可以直接用冻结或者位置限制势，此时不需要考虑成键项参数，只要有范德华参数和原子电荷就够了

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-11-14 06:40
对于这种体系，键伸缩+键角已经足够了，实际上你需要的只有Co-O的键伸缩参数，Co-O-Co和O-Co-O的键角弯曲参数(UFF的八面体键角项形式转换到gmx支持的GROMOS的cos形式键角可以参考OBGMX的原文，除了Co-O-Co之外在UFF里本来就都有定义，那个在UFF2MOF定义了，相互之间的vdW项用的Buckingham形式势函数你上面也写了，自己换算一下然后用x2top就可以把拓扑构建好了，反正你也只会去做高温相钴酸锂，这种结构里二面角没啥意义
不放心可以用AutoFF看看

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-11-14 11:27
你需要自己先切好晶面，设置好真空层。
如果你想要使用COMPASS力场，可以在AuToFF的晶体模块那儿上传cif结构，选择COMPASS力场，依次点击下一步，最后下载Lammps的拓扑文件。
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
如果你想要使用UFF力场，可以在MOF模块那儿上传cif，选择UFF力场，不需要额外选择电荷模型（QEq电荷对于这类体系误差很大，我之前做锂电体系的时候对Li-Co-Ni-Mn-O调了一套BCI电荷规则，默认在UFF力场中）也是根据提示依次点击下一步，最后下载Gromacs或者Lammps的拓扑文件，软件会自动给二面角加上谐振的约束，建议手动删除减小计算量。

(, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: xjw 时间: 2023-11-15 20:17

slxc920113 发表于 2023-11-14 11:27
你需要自己先切好晶面，设置好真空层。
如果你想要使用COMPASS力场，可以在AuToFF的晶体模块那儿上传cif结 ...

收到，感谢，我试试

作者
Author: xjw 时间: 2023-11-15 21:30

喵星大佬发表于 2023-11-14 06:40
对于这种体系，键伸缩+键角已经足够了，实际上你需要的只有Co-O的键伸缩参数，Co-O-Co和O-Co-O的键角弯曲参 ...

收到，感谢

作者
Author: xjw 时间: 2024-1-9 16:14

slxc920113 发表于 2023-11-14 11:27
你需要自己先切好晶面，设置好真空层。
如果你想要使用COMPASS力场，可以在AuToFF的晶体模块那儿上传cif结 ...

您好，请问下我用Autoff网站生成的LCO的UFF力场，但是我电解液想用opls力场，这中方案可行吗？

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-1-9 17:06

xjw 发表于 2024-1-9 16:14
您好，请问下我用Autoff网站生成的LCO的UFF力场，但是我电解液想用opls力场，这中方案可行吗？

可以将就用。虽然混合规则不同，但是定性看一些现象没什么问题。

作者
Author: xjw 时间: 2024-1-9 19:50

slxc920113 发表于 2024-1-9 17:06
可以将就用。虽然混合规则不同，但是定性看一些现象没什么问题。

好的，感谢

作者
Author: gjs 时间: 2024-4-17 17:38
本帖最后由 gjs 于 2024-4-17 17:41 编辑

slxc920113 发表于 2024-1-9 17:06
可以将就用。虽然混合规则不同，但是定性看一些现象没什么问题。

请问使用AutoFF产生一个Li板的力场文件应该怎么做呢，我使用金属/共轭有机框架选择的OPLS力场，但是显示的Li板中的Li都是带电荷的，按道理来说应该不带电荷的呀。

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 10:29

gjs 发表于 2024-4-17 17:38
请问使用AutoFF产生一个Li板的力场文件应该怎么做呢，我使用金属/共轭有机框架选择的OPLS力场，但是显示 ...

想问一下，gmx里面对于金属基面的限制文件应该怎么写才能固定金属面中所有的原子呢，我铁面19200个铁原子，我在itp,posre.itp均只写了一个，然后位置限制后跑完nvt铁面的原子就散乱了，对于金属面的固定要怎么设置才是正确的呀，可以解答一下嘛，非常感谢

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-4-18 11:46

gjs 发表于 2024-4-17 17:38
请问使用AutoFF产生一个Li板的力场文件应该怎么做呢，我使用金属/共轭有机框架选择的OPLS力场，但是显示 ...

瞎用力场，Fe金属你得用FCC-Metal

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-4-18 11:47

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:29
想问一下，gmx里面对于金属基面的限制文件应该怎么写才能固定金属面中所有的原子呢，我铁面19200个铁原子 ...

直接冻结组不就得了。

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-4-18 14:18

slxc920113 发表于 2024-4-18 11:47
直接冻结组不就得了。

我看冻结不能和压力耦合一起用，因为后面还要跑npt，所以没有用冻结

作者
Author: Jill-W 时间: 2024-6-26 22:29

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:18
我看冻结不能和压力耦合一起用，因为后面还要跑npt，所以没有用冻结

请问你解决了嘛？我目前也是固液界面，然后不固定固体的话，固体石墨烯界面就会出现滑移，请问怎么解决的呢？

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2024-6-28 10:53

Jill-W 发表于 2024-6-26 22:29
请问你解决了嘛？我目前也是固液界面，然后不固定固体的话，固体石墨烯界面就会出现滑移，请问怎么解决的 ...

目前找到的问题是我使用的gromacs2020版本有bug导致我冻结时会报错，要时平面固定就只能冻结然后只能跑nvt，所以的换一个gromacs版本

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