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标题: 使用rescu软件结构优化后，产生mat文件，不会转化为cif [打印本页]

作者
Author: liuzl 时间: 2023-11-15 08:18
标题: 使用rescu软件结构优化后，产生mat文件，不会转化为cif
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Extract lattice vectors and atom info from saved mat file
"""
from ase.atoms import Atom, Atoms
from ase.io import write
from pymatreader import read_mat

a = read_mat("H_scf.mat")
latvec = a["domain"]["latvec"]
poses = a["atom"]["xyz"]  # np.ndarray
ele_ind_list = a["atom"]["element"]  # [1,1,2,2]
ele_species_list = a["element"]["species"]  # ['H','Li']

atom_list = []
for i in range(len(ele_ind_list)):
atom = Atom(ele_species_list[int(ele_ind_list[i]) - 1], poses[i])
atom_list.append(atom)
ats = Atoms(atom_list, cell=latvec)
print(ats)
print("--> Writing to atoms.cif file...")

write("atoms.cif", ats)
以上为教程里的转化方法，可是我看不懂，有没有哪位大神可以给解释一下，感激。

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