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标题: Ubuntu22.04下Tinker8.10编译 [打印本页]
作者Author: Huschein 时间: 2023-11-15 16:22
标题: Ubuntu22.04下Tinker8.10编译
本帖最后由 Huschein 于 2023-11-15 16:29 编辑
首先介绍一下Tinker：Tinker分子建模软件是一个完整和通用的分子力学和动力学软件包，具有一些生物聚合物的特殊功能。Tinker能够使用几种常用的参数集，如Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB)， CHARMM (19,22,22 /CMAP)， Allinger MM (MM2-1991和MM3-2000)， OPLS (OPLS- ua, OPLS- aa)，默克分子力场(MMFF)， Liam Dang的极化模型，AMOEBA(2004, 2009, 2013, 2017, 2018)极化原子多极力场，AMOEBA+增加电荷穿透效应，以及我们的新HIPPO(类氢原子间极化势)力场。其他力场模型的参数集正在考虑将来的版本中使用。他目前由华盛顿大学Ponder课题组维护（https://dasher.wustl.edu/tinker/）。
对于我来说，目前初步入门Tinker，了解的不是很多，但是谈起为什么要用Tinker，主要还是因为他有我目前认为最完善的可极化力场——AMOEBA(https://doi.org/10.1021/jp910674d)，虽然amber中也有实现pGM的可极化力场，但是个人认为不如AMOEBA。那也有人会问，比起Tinker，OpenMM也实现了AMOEBA，为什么不用OpenMM呢？那自然是因为Tinker有AMOEBA的升级版AMOEBA+（AMOEBA Pro，DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00261），它号称有匹配SAPT的能力，并且在不同级别基组的情况下与SAPT进行了benchmark，这自然是最诱人的可极化力场了。但是对比起传统的力场（Amber系和CHARMM系），他力场支持的package有点老旧，不值得用，但值得一提的是，Tinker貌似是可以直接支持QM/MM的（不太确定，没有深入了解）。
但是Tinker可以说是究极小众的程序了，在中文论坛中你基本只能找到不超过10篇Tinker相关的帖子；英文论坛的情况也没有好到哪里去，但我目前的工作主要还是在编译上，还没有非常深入的了解，不过接下来的工作会依托于Tinker展开，后续可能会跟进更多的Tinker相关文章（btw， Google搜Tinker tutorial竟然没有什么东西，这就已经可以体现出Tinker有多么小众了）。
我使用的系统是Ubuntu22.04，Gfortran版本是9.4.0. 用这个来Tinker8.10没有太大问题，同时Tinker也支持intel编译器，但是可能有一些问题，后续会提到，本文主要依托于Gfortran，对于intel版本可以自行尝试。
Gfortran编译
1. 首先先检查你自己gfortran有没有，这个太简单了，不会的自己查查就行。然后下载source code，建议从GitHub下载，从Ponder的网站下载的code我基本都是编译失败，各种报错，但是我没有做系统分析和测试，读者可以自己尝试。不用git clone也可以自己去他的网站下载（https://github.com/TinkerTools/tinker）。
2. 解压就不用说了，解压完进入tinker/fftw，随后开始编译fftw库（虽然tinker/lib/linux里面有编译好的fftw库，但是我直接用的话，编译会报错，建议还是自己编译）。编译成功的标志就是出现fftw/lib里面会有一堆.a结尾的包，虽然user guide里面说复制 libfftw3.a和libfftw_thread.a就够了，但是我这么做就会报错（其实很多地方的报错可能不由于这一个单一原因，但是你就按我说的做就完了），但是我建议你把所有.a文件复制到/tinker/source中。
export CC=gcc (or "setenv CC gcc" for csh/tcsh)
export F77=gfortran (or "setenv F77 gfortran" for csh/tcsh)
./configure --prefix=/home/ponder/tinker/fftw --enable-threads --enable-openmp
Make -j
make install
3. 如2所说，复制所有fftw库文件到/tinker/source，然后把/tinker/linux/gfortran里面所有东西也复制到/tinker/source，接下来就可以开始无脑编译了
chmod +x * -R
./compile.make （等待5分钟左右）
./library.make
./link.make （等待5分钟左右）
4. 最后你可以用命令行把所有.x结尾的文件移动到bin目录，这样你就得到Tinker所有的编译文件了，至于export到bashrc这种事情，这么简单就自己做就行了。
Intel编译
首先，如果你要用intel编译，我首先建议你不要瞎折腾，不如gfortran，不见得intel编译出来的运行效率高到哪里去。如果你还是要折腾，那就继续看吧。
1. 首先下载和解压什么的和Gfortran是一样的，参考上面的1就行
3. 还是一样的解压，解压完进入tinker/fftw，随后开始编译fftw库，我这里写的很简略，我建议读者还是看看gfortran那边关于fftw的编译。这里其实就是把编译器换一下就行了，细节还得看上面
export CC=icc
export F77=ifort
./configure --prefix=/home/ponder/tinker/fftw --enable-threads --enable-openmp
Make -j
make install
4. 后面所有的步骤按照gfortran的3和4步即可
作者Author: mizu-bai 时间: 2023-11-20 23:19
之前为了试试川大马老师做的小分子气相输运力场 cAMOEBA，也编译安装了 Tinker。无奈 Tinker 的加速技术有限，满足不了跑大量轨线的需求，只好作罢了🥲
作者Author: Huschein 时间: 2023-11-21 19:31
是这样的，Tinker基本上跑100ps就算很高了，毕竟可极化力场加上烂到无以复加的coding水平和并行编程。
但好消息是Tinker-9已经改用C/CPP了，支持CUDA，同时基于Fortran的Tinker-HP也支持GPU加速，都可以试试
作者Author: mizu-bai 时间: 2023-11-22 09:33
Tinker 9 和 Tinker-HP 我都编译过，但 Tinker 9 不知为何连 test 都跑不过，出 seg fault；Tinker-HP 报了不支持 AMOEBA 来着。另外 LAMMPS 的 AMOEBA 也试了一下，实在是一言难尽。
作者Author: jmliu 时间: 2024-4-3 11:18
请问您编译后bin目录里是否存在文件tkr2qm_s呢？我在使用sharc_orca_tinker进行计算时提示报错:TINKER executable at "/home/ljm/software/tinker-release/bin/tkr2qm_s" not found! “ ,请问您是否知晓如何解决？
作者Author: Huschein 时间: 2024-4-3 18:37
你这个不是原版吧？那我就不太清楚了
作者Author: ZiyuSong 时间: 2024-4-9 05:07
你好，我在 ‘./compile. Make’这一步时 遇到了如下error:echarge.f:20.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
echarge1.f:21.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
echarge3.f:21.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
empole.f:21.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
empole1.f:21.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
empole3.f:21.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
epolar.f:68.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
epolar3.f:71.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
induce.f:145.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
initprm.f:26.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
mdinit.f:25.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
prmkey.f:26.9:
use extfld
1
Fatal Error: Can't open module file 'extfld.mod' for reading at (1): No such file or directory
看起来是编译echarge.f时出现了问题？还望解答，多谢大神
作者Author: Huschein 时间: 2024-4-10 18:24
仔细看，踩过的坑给你写出来了
建议从GitHub下载，从Ponder的网站下载的code我基本都是编译失败，各种报错，但是我没有做系统分析和测试，读者可以自己尝试。不用git clone也可以自己去他的网站下载（https://github.com/TinkerTools/tinker）。
作者Author: 2877321934 时间: 2024-7-22 02:32
老师您好，我前面一切正常，到了第四步将x结尾的文件移动到bin时，报错提示：mv: cannot stat '*.x': No such file or directory，我安装的是github上下载的解压得到tinker-release的版本，应该是8.1版
此外，请问老师最后export到bashrc时具体应该怎么写
作者Author: mizu-bai 时间: 2024-7-22 12:38
先看一下有没有 *.x 文件，另外最新版可以用 cmake 编译了，比原版编译方法简单点
作者Author: 2877321934 时间: 2024-7-22 14:23
本帖最后由 2877321934 于 2024-7-22 14:36 编辑
用cmake .再make编译成功了，再请问export到.bashrc应该怎么写，我的bin目录位置为/home/wang/software/tinker-release/bin
作者Author: QianqianJin 时间: 2024-11-11 15:01
请问你后面是怎么编译成功的啊，cmake如何编译呢
作者Author: 2877321934 时间: 2024-11-11 22:09
终端输入cmake .. make就行
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