计算化学公社

标题: 模拟甲烷水合物固气体系水合物生成,到正式模拟一直报错 [打印本页]

作者
Author:
五月雨    时间: 2023-11-15 19:56
标题: 模拟甲烷水合物固气体系水合物生成,到正式模拟一直报错
本帖最后由 五月雨 于 2023-11-15 20:12 编辑

各位老师好,我尝试做甲烷水合物的模拟,使用packmol生成了一个甲烷水合物体系,左侧是水合物固体,右侧是气水混合物:

                                    (, 下载次数 Times of downloads: 11)
使用ligpargen在线得到了甲烷的itp文件,水使用tip4p-ice,在opls-aa力场进行,能量最小化正常结束,但每次正式模拟时就出现以下报错:
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
         Box (3x3):
            Box[    0]={         nan,          nan,          nan}
            Box[    1]={         nan,          nan,          nan}
            Box[    2]={         nan,          nan,          nan}
         Can not fix pbc.


Fatal error:
Step 100: The total potential energy is nan, which is not finite. The LJ and electrostatic contributions to the energy are 0 and 0, respectively. A non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.

我尝试在较低温度、低压力弛裕下、更换其他力场下产生的拓扑文件进行模拟,都是相同的报错,请问各位老师如何解决?



作者
Author:
sobereva    时间: 2023-11-17 03:08
在确保拓扑文件无误的前提下,改用NVT看看什么情况
作者
Author:
lxr123    时间: yesterday 12:55
大佬,左侧的水合物固体的PDB文件是怎么建立的,用哪一个软件哈,还是下载的~~
作者
Author:
lxr123    时间: yesterday 12:57
目前我想建立一个含有CO2水合物晶体种子的,加速CO2水合物形成,但是不知道如何构建这个CO2水合物晶体种子pdb文件




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3