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标题: 使用gromacs跑nvt后固定住的分子仍有位置移动该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: xxxiao 时间: 2023-11-15 20:54
标题: 使用gromacs跑nvt后固定住的分子仍有位置移动该怎么解决？
用gromacs跑nvt时，mdp文件中（使用freezegrps = ETH freezedim = Y Y Y）固定一组名为ETH的分子（包含两条PE链）。结果gro文件中显示其中一条PE链仍有位置移动，该怎么解决这个问题呢？
检查了分子命名：两条PE链均属于ETH组的分子。
正方形盒子边长为12nm，PE链有两千两百多个原子，加上水分子后整个体系有十七万多个原子。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 03:13
fourierspacing = 1.2完全离谱。先解决硬伤再说别的

作者
Author: xxxiao 时间: 2024-1-20 17:03

sobereva 发表于 2023-11-17 03:13
fourierspacing = 1.2完全离谱。先解决硬伤再说别的

好的谢谢老师的回复，万分感谢

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