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标题: openmolcas 如何优化分子在冰表面的激发态光异构路径啊？ [打印本页]

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Author: jiahui 时间: 2023-11-15 22:26
标题: openmolcas 如何优化分子在冰表面的激发态光异构路径啊？
本帖最后由 jiahui 于 2023-11-15 22:38 编辑

老师，我已经用openmolcas 计算好了分子在气相中的激发态的光异构路径（采用二面角固定优化的方式），为了便于后续比较能垒应使用同一方法和基组，如何使用openmolcas固定二面角优化分子在冰表面的激发态路径啊？如何建模，应该用到哪些软件？请老师们指点，（目的是想证明在冰表面分子不容易发生光异构行为）

openmolcas已经模拟出来的气相中的激发态路径如下图所示：

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Author: 风起~ 时间: 2023-11-16 15:36
你温度打算怎么控制啊

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Author: wzkchem5 时间: 2023-11-16 17:05
用任何支持建周期性体系的可视化软件（Materials Studio等）建冰的晶胞，切出一个团簇，其中的一个面是平整的表面（结合实验实际，选择需要暴露哪个晶面）。然后把分子放在这个平整的表面上，足够靠近这个分子的水分子用QM处理，较远的水分子可以用MM处理，最远的水分子冻结住。然后照常做计算即可
不过需要注意，光扫一个势能曲线可能是不够的，因为冰有可能是通过比如说加速内转换、吸收掉分子额外的振动能等方式来抑制光异构的，此时可能需要计算内转换速率常数，甚至跑非绝热动力学

作者
Author: jiahui 时间: 2023-11-17 00:14

wzkchem5 发表于 2023-11-16 17:05
用任何支持建周期性体系的可视化软件（Materials Studio等）建冰的晶胞，切出一个团簇，其中的一个面是平整 ...

老师，您说的跑非绝热动力学也是用QM/MM方法吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2023-11-17 21:30

jiahui 发表于 2023-11-16 17:14
老师，您说的跑非绝热动力学也是用QM/MM方法吗？

对，如果程序允许的话尽量用QM/MM

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