计算化学公社

标题: 求助RDG分析之后打开vmd能不能将分子模型改变 [打印本页]

作者
Author: lycsss 时间: 2023-11-16 10:28
标题: 求助RDG分析之后打开vmd能不能将分子模型改变
老师们好，我用RDG方法对一个二聚体可能存在相互作用进行了分析，但是我的分子比较大，并且有一部分原子堆积很密集，而vmd打开cub文件默认的球棍模型会导致这一区域更加拥挤，因此不能将等值面呈现的很清晰，不知道有没有办法将默认的球棍模型修改为整体为lines的模型，尝试了很多次都不行。还请各位老师解答。

作者
Author: pal 时间: 2023-11-16 11:08
不是可以直接在vmd的representations里面改么

作者
Author: lycsss 时间: 2023-11-16 11:16
本帖最后由 lycsss 于 2023-11-16 11:17 编辑

pal 发表于 2023-11-16 11:08
不是可以直接在vmd的representations里面改么

我挨个试过了，都不行哇

而且选择其它的方式，等势面就没了

作者
Author: pal 时间: 2023-11-16 11:34

lycsss 发表于 2023-11-16 11:16
我挨个试过了，都不行哇而且选择其它的方式，等势面就没了

RDG没试过，IRI是能直接改的

作者
Author: pal 时间: 2023-11-16 11:42

lycsss 发表于 2023-11-16 11:16
我挨个试过了，都不行哇而且选择其它的方式，等势面就没了

或者直接改.vmd文件，像IRIfill.vmd只要把mol modstyle 0 top CPK 0.700000 0.300000 18.000000 16.000000改成mol modstyle 0 top Lines 3就好了

作者
Author: lycsss 时间: 2023-11-16 17:12

pal 发表于 2023-11-16 11:42
或者直接改.vmd文件，像IRIfill.vmd只要把mol modstyle 0 top CPK 0.700000 0.300000 18.000000 16.00000 ...

太棒了，我试了一下，这个指令在RDG里面也有效，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 02:42

lycsss 发表于 2023-11-16 11:16
我挨个试过了，都不行哇而且选择其它的方式，等势面就没了

那叫等值面。RDG、IRI等又不是势，怎么可能说成等势

明显是你在representation界面里没选对。搞清楚各个rep都是控制显示什么的

作者
Author: lycsss 时间: 2023-11-17 14:27

sobereva 发表于 2023-11-17 02:42
那叫等值面。RDG、IRI等又不是势，怎么可能说成等势

明显是你在representation界面里没选对。搞清楚各 ...

好的，谢谢sob老师

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