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标题: 求助：小分子结构优化前后能量参数的计算 [打印本页]

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-11-16 20:50
标题: 求助：小分子结构优化前后能量参数的计算
各位老师好。
最近读到一篇关于MOF吸附气体分子的学位论文，里面有一部分提到了吸附质分子结构优化前后的单点能计算，文献采用的是Forcite模块，COMPASS力场，力场赋予电荷进行气体分子的结构优化和计算优化前的结构能量。我自己的体系是MOF吸附药物分子，比如甲氨蝶呤，但是我所采用的结构优化是Dmol模块得到的，而且选用的力场是Dreding力场，电荷赋予的是ESP电荷。那么为了计算我的体系中吸附质结构优化前后的能量参数我该如何进行呢？
我所采用的方案是，从Pubchem下载得到药物分子，采用Forcite模块，Energy任务Dreding力场，电荷采用use current（也就是在各原子电荷为零）计算结构优化前的能量（包括成键和非键的各项能量）；然后对导入的分子模型采用Dmol模块，Opt任务，GGA-PW91泛函，双数值极化原子轨道基极dnp，然后analysis对结构优化后的构型分配ESP电荷；随后对该模型文件进行Forcite模块下的能量计算。请问各位老师，我的方案是否合理，得到的结果能否得出分子构型稳定的结论。因为从我的结果中发现，单独的分子竟然还有范德华和库伦力的作用，我就觉得不合理，按道理分子的构型优化应该只有成键能量的变化。

下面附上我的结果： (, 下载次数 Times of downloads: 14)
这是文献的结果： (, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 02:32
那叫dreiding

分子内自然可以有范德华和静电作用

作者
Author: MOFs的小奴隶 时间: 2023-11-17 09:35

sobereva 发表于 2023-11-17 02:32
那叫dreiding

分子内自然可以有范德华和静电作用

感谢sob老师，力场名称是我疏忽了。请问sob老师，我输出的结果是否可以证明我的药物分子达到稳定状态了呢？范德华力和静电力能量的变化该如何去解释呢？

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