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标题: 光加成反应过渡态的寻找报错 [打印本页]

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-16 21:59
标题: 光加成反应过渡态的寻找报错
本帖最后由 dengyh 于 2023-11-17 22:54 编辑

服务器为Windows系统，配置为80核，890GB运行内存，
配合物结构为

在ORCA找过渡态时，输入文件开头如下
! BLYP D3 def2-SVP def2/J optTS freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  26000
%pal nprocs  30 end
%geom Calc_Hess true end

......
out文件正常运行一天时，出错如下，查看轨迹文件得是需要的过渡态方向，这是因为内存和核心没设置合理吗？
ORCA GEOMETRY RELAXATION STEP
------------------------------------------------------------------------------

Reading the OPT-File                   .... done
Getting information on internals       .... done
Copying old internal coords+grads    .... done
Making the new internal coordinates    .... (new redundants).... done
Validating the new internal coordinates .... (new redundants).... done
Calculating the B-matrix             .... done
Calculating the G,G- and P matrices    .... done
[file orca_tools/Tool-Linalg/qcrdiag2.cpp, line 2737]: Diagonalization failed with error code: 2879981 !

ORCA finished by error termination in GSTEP
Calling Command: C:\orca119\ORCA\orca_gstep opted-0-2-TS1.ginp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

在用Gaussian 16计算时，
输入文件如下
%nprocshared=60
%mem=10GB
%chk=C:\gsrj\gsjswords\20231113-ZQQ\ZQQ-js\0-2\0-2-opt-TS1\0-2-opt-TS1.chk
# opt=(calcfc,ts,noeigen) geom=connectivity def2svp
EmpiricalDispersion=GD3 m062x

......
运行约几个小时出错，out文件如下，卡在这里计算不了，任务被killed,不知是结构问题还是计算方法有问题，望各种大佬指导一下
SCF Done:  E(RM062X) =  -8343.50514806    A.U. after 16 cycles
         NFock= 16  Conv=0.27D-08    -V/T= 2.1201
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:    1  2704
NBasis=  2704 NAE= 596 NBE= 596 NFC=    0 NFV=    0
NROrb= 2704 NOA= 596 NOB= 596 NVA=  2108 NVB=  2108

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.12160023D+02

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-11-16 23:24
体系有多大？高斯、ORCA是在头一步优化就报错了，还是跑了几步才停？

Gaussian那个看看是不是内存炸了，2000来个基函数本身不小，不过Win按说内存不够也不会主动kill的。
ORCA这个报错我也是第一回见，手册也应该没讲过error code是啥意思，等个懂的来介绍下。

[file orca_tools/Tool-Linalg/qcrdiag2.cpp, line 2737]: Diagonalization failed with error code: 2879981 !

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 02:33
%nprocshared=60
%mem=10GB
难以理喻。内存就那么缺么？
好好看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

“890MB运行内存” 完全是开玩笑

%maxcore 26000
%pal nprocs 30 end
相当于你得有至少约26000*30GB内存，怎么给Gaussian的内存就那么抠门？

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-17 22:56

sobereva 发表于 2023-11-17 02:33
%nprocshared=60
%mem=10GB
难以理喻。内存就那么缺么？

感谢Sobereva老师的批评与指导，我上面写错了，应该为890GB,已修改，谢谢

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-17 22:58

啊不错的飞过海发表于 2023-11-16 23:24
体系有多大？高斯、ORCA是在头一步优化就报错了，还是跑了几步才停？

Gaussian那个看看是不是内存炸了， ...

你好，谢谢您的答复，体系是含四个Cd的配合物，共240原子，部分冻结了坐标

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-17 23:03

啊不错的飞过海发表于 2023-11-16 23:24
体系有多大？高斯、ORCA是在头一步优化就报错了，还是跑了几步才停？

Gaussian那个看看是不是内存炸了， ...

高斯跑了1个小时就出错停止了，ORCA最近跑的任务有跑一天后停止的，有轨迹文件，我就继续有最后的坐标计算了

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-11-18 11:06

dengyh 发表于 2023-11-17 23:03
高斯跑了1个小时就出错停止了，ORCA最近跑的任务有跑一天后停止的，有轨迹文件，我就继续有最后的坐标计 ...

ORCA有轨迹啊，那看来不是一步死？
看体系应该不过于大，后面再跑的时候可以考虑把miniprint改成debugprint，感觉可能是哪个矩阵数值不稳定导致对角化出问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-18 17:22

啊不错的飞过海发表于 2023-11-16 16:24
体系有多大？高斯、ORCA是在头一步优化就报错了，还是跑了几步才停？

Gaussian那个看看是不是内存炸了， ...

对角化的error code是和LAPACK的dsyev subroutine的error code一致的，参见https://www.netlib.org/lapack/ex ... 590f8f26cf42fed4044
当对角化的error code（设为N）大于0时，表示某个中间变量矩阵有N个本该是0的非对角元没有收敛到0。LAPACK的默认设置应该是能让绝大多数矩阵正常收敛的，所以如果一个矩阵的对角化不收敛，基本只可能是因为有极其大的数、NaN、Inf等极端的数值情况。也就是说很可能之前的某一步操作除以了0。在结构优化里，最常见的除以0的情形就是三个原子键角接近180度，当然也可能是比如说硬件问题（程序写了一个文件，然后文件损坏了，读的时候读进来了一个NaN）。
所以可以以最后一帧为初猜重新跑一下试试

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-18 22:06

啊不错的飞过海发表于 2023-11-18 11:06
ORCA有轨迹啊，那看来不是一步死？
看体系应该不过于大，后面再跑的时候可以考虑把miniprint改成debugpr ...

好的，谢谢你的指导，我去试着加一下这个关键词

作者
Author: dengyh 时间: 2023-11-18 22:12

wzkchem5 发表于 2023-11-18 17:22
对角化的error code是和LAPACK的dsyev subroutine的error code一致的，参见https://www.netlib.org/lapac ...

好的，谢谢大佬详细的解释和指导，关于你以上的专业解释我不是太理解，我再根据您最后的建议，以最后一帧为初猜重新跑一下试试，如果出现不懂的问题，我再向各位请教，谢谢

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