计算化学公社

标题: 求助：用gromacs周期扰动法做离子液体粘度计算参数设置合理吗？ [打印本页]

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-11-17 09:24
标题: 求助：用gromacs周期扰动法做离子液体粘度计算参数设置合理吗？

1.md产生相将名字改为vis 去掉了控压设置；加cos-acceleration= 0.05 ；设置步长100000；模拟时间0.2ns ； nstenergy=100（体系为：咪唑醋酸盐/DMSO）

运行命令：

gmx grompp -f vis.mdp -c md.gro -t md.cpt -p topol.top -o vis.tpr

gmx mdrun -v -deffnm vis

gmx energy -f vis.edr

请问这样计算的离子液体粘度结果是否可靠？

2.请问实验算得的稳态剪切粘度与动力学模拟的动态粘度一样吗？是否具有可比性？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 12:35
步长怎么可能100000
跑的总时间长度最好更长。且建议做个结果随cos-acceleration的外推

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-11-17 15:55

sobereva 发表于 2023-11-17 12:35
步长怎么可能100000
跑的总时间长度最好更长。且建议做个结果随cos-acceleration的外推

不好意思老师；是总步数为100000步。我的体系产生相跑了10ns；做粘度计算的话也需要跑10ns吗？请问老师您说的外推是再算算cos-acceleration=0.04-0.01的这些值吗？然后拟合取cos-acceleration=0的值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 17:21

马天湉发表于 2023-11-17 15:55
不好意思老师；是总步数为100000步。我的体系产生相跑了10ns；做粘度计算的话也需要跑10ns吗？请问老师您 ...

跑10ns，然后用前4、6、8、10ns轨迹都做计算，看是否10ns的时候已经结果随模拟时间收敛了，不够再延长，够了就直接用10ns的
是

作者
Author: 马天湉 时间: 2023-11-19 14:00

sobereva 发表于 2023-11-17 17:21
跑10ns，然后用前4、6、8、10ns轨迹都做计算，看是否10ns的时候已经结果随模拟时间收敛了，不够再延长， ...

老师，我做了cos-acceleration=0.05-0.01的粘度计算模拟时间都是10ns 但是离子液体和DMSO（1：1）文献中实验值是62.9mPa·s；我模拟取cos-acceleration=0的值算出来737mPa·s；老师，粘度计算我应该看个总体的趋势，还是必须要和实验值模拟的大差不差呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-19 15:26

马天湉发表于 2023-11-19 14:00
老师，我做了cos-acceleration=0.05-0.01的粘度计算模拟时间都是10ns 但是离子液体和DMSO（1：1）文献中 ...

粘度方式计算正常、力场参数也合理的情况下，不至于差得如此离谱

你可以先找几篇像样期刊上的计算此类体系粘度问题的文献去试图重复他们的数据，用和他们相同的力场

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