计算化学公社
标题:
Multiwfn辅助计算非平面体系NICS_ZZ时RCP坐标问题
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作者Author:
AshleyYU
时间:
2023-11-17 09:36
标题:
Multiwfn辅助计算非平面体系NICS_ZZ时RCP坐标问题
老师们好,本人初涉计算化学领域,最近在做非平面共轭环状分子的芳香性分析,取NICS_ZZ作为判断指标。下附文件为优化得到C16H16分子的构型之一,用Gaussian结构优化并生成wfn文件,Multiwfn取AIM理论中的RCP作为环中心和周围半环的环中心,在拟合平面法向量上取点计算NICS。
问题:
1、wfn文件中C16H16各原子坐标较之out文件相对分散,计算NICS即提交NMR计算任务时,输入文件中各原子坐标若采用out文件中坐标则RCP位置发生偏移(见C16H16-NICS-1.gif),若采用wfn文件中坐标则RCP位置准确(见C16H16-NICS-2.gif),但C16H16原子坐标分散,键长不合实际。这种情况该如何解决,还是直接如C16H16-NICS-2.gif计算即可?
2、用Multiwfn中25-4辅助计算非平面体系NICS_ZZ时,自动生成为拟合平面上下1埃处坐标,在“ Input XX,YX,ZX component of the tensor”后若输入平面上方2或3埃处Bq原子的屏蔽张量,得到的是否是该处的NICS_ZZ,还是说此处仅能计算平面上下1埃处的NICS(1)_ZZ?
学习过程中阅读的是Sob老师的《利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ》(
http://sobereva.com/261
)和《使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度》(
http://sobereva.com/108
)两篇博文,还望各位老师指教。文件见下网盘链接(6.7MB):
通过百度网盘分享的文件:C16H16-N....rar
链接:
https://pan.baidu.com/s/13mZNJoaVwg2daUoOcukk7A
提取码:8768
复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」
作者Author:
sobereva
时间:
2023-11-17 17:10
1 显然坐标单位搞错了。Bohr和埃弄混是常见导致此情况的问题
2 你若想扫描NICS,看此文
使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性
http://sobereva.com/681
(
http://bbs.keinsci.com/thread-39001-1-1.html
)
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