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标题: BOSS（生物与有机系统模拟）输出文件二面角经傅里叶转换后格式的求助 [打印本页]

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Author: Arkin 时间: 2016-9-24 09:47
标题: BOSS（生物与有机系统模拟）输出文件二面角经傅里叶转换后格式的求助
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关于BOSS （Biological and Organic SimulationSystem）输出文件 Fourier 能量转换后二面角文件格式问题。图片对应问题如下：

第一：1 and etc.，数字应该是“序号”吧？但是为什么输出的二面角的序号只有23 个（见附件），而我数出来的却有 33 个？

第二：表格中我找二面角的方法对吗？方法是枚举，排除氢原子作为“交线原子”一个个的找。

第二： 2 和 3 ，二者综合定义的是二面角吗？比如4 , 160 , 通过对应的 force filed 文件找到其二面角对应为，O-C-X-Y，对应结构后，就应该是 O-C-C-C，可是问题是 5 怎么理解？如果 7 或8 即氢原子为末端基团，怎么才能找到包含 O 氧原子的 improper angle？

第三： 3 中为什么有两个相同的数字，是一个对应“I”，另一个对应“F”吗？那“I& F”是什么意思：Identityand F_what?

非常感谢！我找了很多相关资料但是还是没有搞明白这格式是什么意思，再次感谢！谢谢！

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