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标题: BOSS(生物与有机系统模拟)输出文件二面角经傅里叶转换后格式的求助 [打印本页]
作者Author: Arkin 时间: 2016-9-24 09:47
标题: BOSS(生物与有机系统模拟)输出文件二面角经傅里叶转换后格式的求助
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关于BOSS (Biological and Organic SimulationSystem)输出文件 Fourier 能量转换后二面角文件格式问题。图片对应问题如下:
第一:1 and etc.,数字应该是“序号”吧? 但是为什么输出的二面角的序号只有23 个(见附件), 而我数出来的却有 33 个?
第二:表格中我找二面角的方法对吗?方法是枚举,排除氢原子作为“交线原子”一个个的找。
第二: 2 和 3 ,二者综合定义的是二面角吗?比如4 , 160 , 通过对应的 force filed 文件 找到其二面角对应为,O-C-X-Y,对应结构后,就应该是 O-C-C-C,可是问题是 5 怎么理解?如果 7 或8 即氢原子为末端基团,怎么才能找到包含 O 氧原子的 improper angle?
第三: 3 中为什么有两个相同的数字,是一个对应“I”,另一个对应“F”吗?那“I& F”是什么意思:Identityand F_what?
非常感谢!我找了很多相关资料但是还是没有搞明白这格式是什么意思,再次感谢!谢谢!
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