公社群聊Q&A整理：2016.08.27 18 ~ 2016.09.01 07 Concate - 计算化学公社

2016.08.27 18:05:41
Q:
用sobMECP寻找交叉点的时候，总是在runfirst那步，不收敛，然后我又在此基础上再从第一步开始，还是这样，请问大神该rig如何处理
A:
调节关键词，想办法搞收敛
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2016.08.27 21:51:22
Q:
图中右边俩计算，用了不同的赝势，也都没用iop，这俩按理说结果应该一样的啊
A:
SDD比Lanl2DZ质量好得多，对于Fe是Lanl2TZ(f)级别的
更何况本身C就没加极化，给Fe用不同赝势基组影响可能很大
Q:
我再算算，c和铁都加大基组，加上极化
A:
不用很大，B3LYP/def2SVP就够给出基本合理结果了
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2016.08.27 23:37:54
Q:
[图片]请问做irc后的图是这样的，这是什么原因呢？
这个过渡态的结构是不是有问题呢
[图片]
这个步长还不行吗@娃娃-首席卖萌官
我加的这个iop
一般不是2或者3吗
A:
步长越小这个问题越严重
Q:
老师那要怎么弄呢？头一次做irc是出现一条直线
A:
[图片]
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2016.08.28 02:31:13
Q:
[图片]
在这个表里面，是数值在0和0.5之间的不成键，在0.5和1.5之间的成单键，1.5和2之间成双键吗
A:
没有这种绝对的关系
是个强度问题
Q:
数值大小只是为了说明键的强弱吗
A:
只能对同类键说明强弱
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2016.08.28 04:05:04
Q:
在Multiwfn里做完分子表面静电势分析后，选择2将极值点位置导出为当前目录下的surfanalysis.pdb文件，
请教一下这个pdb文件是自动生成的吗？需要输入路径不？
A:
直接产生在当前目录下
一试便知
Q:
[图片]我这里边没找到不知道为啥
A:
对于双击启动的情况，会产生在.exe文件所在目录下。产生后屏幕上也会有提示
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2016.08.28 04:59:20
Q:
文献求助：https://www.thieme-connect.com/products/ejournals/abstract/10.1055/s-2006-961926#top，已尝试SCI-hub下载不到
胡说
[图片]
尝试我权限内的文献可以下载
见群共享群规的使用方法
sci-hub.cc/10.1055/s-2006-961926
【链接】СтраничкапроектаSci-...
这个你打不开？
打开截个图
[图片]
这个乐意
可以
我是输入标题搜索的
我的方法不对？
好的，我知道了，谢谢！
恩试了一下此例中群规里的方法确实不行
sci-hub.cc/doi 的方法稳定性好一些
好的，新技能get,谢雪
A:
[图片]
bz是可以的。
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2016.08.28 05:02:31
Q:
各位，你们好。请问如果我有系列类似的反应物，现在我想读取这些反应物相同地方的静电势的数值，请问我该如何实现？
A:
先把几个反应物结构对齐，确定其中一个的某个点的坐标，然后用Multiwfn主功能1，输入坐标，得到此点的值
Q:
不好意思，我再问一个问题，如何将反应物对齐？
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2016.08.28 05:17:09
Q:
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 21:17:09
"思想家公社群规章制度（2016-Aug-27）.txt" 下载
[图片] 这是重点添加的
看来得小心了
老大，其实我觉得可以写明每次更新了什么比较好
A:
重新看一遍就当复习，挺好
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2016.08.28 07:55:10
Q:
Q: 最近在研究一个亲核性的问题，读了sob老师关于亲电亲核性和hirshfeld电荷的文章。同时又看到multiwfn里提到ADCH对于hirshfeld电荷多了
一个对于偶极矩的考虑，那如果我想研究亲核性用这两种电荷的哪一种比较好？或者还有其他的选择？
A:
Hirshfeld
Q:
npa咋样
A:
不适合
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2016.08.28 18:02:41
Q:
老师，我在优化反应物和产物时都加了溶剂，那么我在找两者的过渡态时需不需要加溶剂呢
老师，我对激发态的两个构型找过渡态，opt=qst2 td b3lyp/6-31G(d),是不是该这样写
A:
此时过渡态让然也要考虑溶剂
此时过渡态当然也要考虑溶剂
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2016.08.28 19:00:39
Q:
sob老师。你的程序中blyp算出来的波函数和能级和高斯一致吗？
A:
完全一致
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2016.08.28 19:30:39
Q:
用高斯程序生成.wfn、.wfx、.fch、.molden等格式的文件只能在开始计算的Input里面输入相应命令吗？
A:
高斯根本生成不了.molden。
fch可以用formchk从chk转化出来，.wfn、.molden也可以用Multiwfn载入.fch文件后通过主功能100的选项2转化出来
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2016.08.28 20:35:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不是非得用QST2，虽然可以
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2016.08.28 21:02:02
Q:
老师，我做了一个两层的结构，下层固定，上层两个结构反应，可是总有小虚频消除不了，10-30之间
尝试调整构型一个多月了，都不成功，真不知道该怎么办
A:
言虚频必须言感兴趣的区域、虚频振动模式牵扯到的区域，以判断如何以及是否有必要处理
单纯的消虚频就是本文的做法
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
但是限制性优化无论怎么做，有些虚频也注定消不掉，毕竟不是势能面极小点。怎么处理就要结合化学直觉和具体问题来说
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2016.08.28 21:05:34
Q:
[图片]
老师这个怎么计算他的质子亲和势
？
Girard P
已经带了一个电荷的
A:
这体系根本不带整体净电荷
[图片]
Q:
不带整体净电荷的意思就是那个N上不是电荷为1？
A:
和Cl抵消了
况且N根本就不带+1电荷，这是YY的！
带多少电荷自己算完单点看原子电荷就知道
Q:
如果不带那个Cl- 的时候那个N+ 不能接受质子了
在实验上那个结构的分子量就是带一个电荷
A:
不带Cl-，左边就是阳离子，怎么接受质子，静电互斥就把质子弄飞了
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2016.08.28 21:38:44
Q:
Sob 老师请问下gaussian 下怎么指定 MP2-CAS 方法我输入 CASPT2 运行不了
A:
看手册
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2016.08.29 02:57:49
Q:
老师好，我有个结构出现了自旋密度污染，收敛失败，怎么解决这个问题呢？我把文件导上来
A:
收不收敛跟自旋污染完全没直接关系
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
去了弥散再试
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2016.08.29 03:17:32
Q:
，群主老师好！上次咨询了您关于信息熵计算的软件设置，您叫我去看软件手册4.2节。可4.2节里面，只有费歇尔信息熵和申农信息熵的说明，尚
缺其它熵的取值设置。您能就其它两种信息熵的设置，再说一下么？谢谢！
A:
还要算什么熵？
4.2节里也没有这些信息
Q:
vSltO5xaOiAxgtqggzMtiumqfnBDpT92nz-wYmzO9pCUmLcTrKIthLpeFRiHU8-
RdXqZJC_rjEWLmMdfAiL7uJDOtODmHxmL2OmEcRPZFeDNyi&eqid=ee866795059fc0001000000557c2c90b&wd=
https://m.baidu.com/from=1000953b/bd_page_type=1/ssid=0/uid=0/pu=sz%401320_1002%2Cta%40iphone_2_4.3_2_6.8%2Cusm
%400/baiduid=614C4221D0140A29AAFEDD6FC9C7EC2B/w=0_10_%E5%88%98%E8%BF%B0%E6%96%8C%E7%89%A9%E5%8C%96%E5%AD%A6%E6%8A
%A5%E7%86%B5/t=iphone/l=1/tc?ref=www_iphone&lid=17187538917648221062&order=1&fm=alop&dict=-
1&tj=xueshu_detail_1_0_10_title&sec=14795&di=f5f2ab58e4ebceb3&bdenc=1&tch=124.66.192.136.4.112&nsrc=IlPT2AEptyoA_yixCFOxXnANedT62v3ID
g3YRiZFLDivpEmixP4kHREsRCCqA-7FJ9Ca9H_4cMpDhTLy3mNXzBBDqv-oq7dr9ingdPvtgsLMTsB1rgA8PQDHHX2rmO7eia5vdttoRtBnLDUfn
就是该文提及的4种熵
A:
直接列出名字多好
不要贴这么恶心的链接
Q:
密度泛函活性理论中的Rényi熵,Tsallis熵,和Onicescu信息能
A:
需要自己改代码
Multiwfn能直接算的熵有Shannon、Fisher、第二Fisher、Ghosh-Berkowitz-Parr、Renyi
算这些熵也没多大实际用处，除非纯粹要搞理论
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2016.08.29 04:12:52
Q:
老师，[图片]为什么会这样？ @LiYuanhe
A:
如果所有体系都这样，换个机子
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2016.08.29 04:20:31
Q:
DFT终于把开壳层的做的和gaussian一模一样了。[emoji]
闭壳层还有个神秘的问题
A:
话说那个库，vwn5rpa在闭壳层时和高斯里VWN一模一样，但是开壳层有微小差异。而vwn5和高斯vwn5总是一样。差异哪来的没搞明白
Q:
vwn5rpa？
这是啥
A:
那个DFT库一个是vwn5，一个是vwn5rpa。后者闭壳层时和高斯里VWN（即VWN3）结果一模一样，但是开壳层时不同
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2016.08.29 07:10:18
Q:
[图片]
请问，这里的 1 imaginary frequencies (negative Signs)表示这个输出文件只有一个虚频，是这样吗？
A:
y
Q:
如果是 2 imaginary frequencies (negative Signs)表示这个输出文件有2个虚频？
A:
y
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2016.08.29 10:46:13
A:
刚发现哪怕对水分子，BLYP/6-31G* scf=nodiis也根本没法收敛
顿感pulay真是劳苦功高
Q:
记得彭笑刚老师吐槽pulay上物化课学生嫌太难
后来就换他上了
peter pulay？
A:
y
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2016.08.29 16:19:45
Q:
[图片]，请问老师，加溶剂化全优化总是出现这种错误，是什么问题呢
A:
甭用qc
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2016.08.29 19:37:52
Q:
请问一下 ccsd(t) 计算时出现913错误应该怎么处理？
A:
贴报错提示，别老问lxxx错误怎么办
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2016.08.29 20:12:56
Q:
Sob老师，我想咨询一下Pop=ReadRadii关键词在计算元素半径的时候，到个别原子处算不出半径信息。请问这个问题有可以解决的方法吗？
A:
这个本就不是计算元素半径。这是拟合静电势电荷的时候读取元素半径
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2016.08.29 20:44:16
Q:
一直用的windows的gaussian 虚拟机安装了linux及gaussian 折腾了大半天也不知道成功没有。请问在linux中需要安装gview吗，还是在windows中
写好了文件，放到linux中使用，和windows的有没有区别。
A:
用虚拟机的情况在windows下用gview编辑好输入文件在linux下算就完了
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2016.08.29 20:51:24
Q:
请问下纳米分子的计算和一般分子的计算有什么不同？
是不是难很多
A:
看具体怎么定义纳米分子，具体是什么样的。
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2016.08.29 23:05:20
Q:
请问老师，我上次做CP只有两个结果，您说是版本低了，我先前用的是A，然后我安装了D.01，再做CP出现了错误
[图片]
好像说是bug？
A:
信息不充分，没法判断
Q:
请问我还需要提供哪些信息呢？
算的东西不大，不至于内存不够吧
20个原子不到
A:
说不清楚就上传输出文件
Q:
嗯好的，我怕刷屏
A:
上传输出文件怎么会刷屏，并不是贴输出文件
Q:
额/尴尬
A:
删了%chk这行再试
还不行把输入文件也传上来
Q:
好像可以了，能不能说说原因，谢谢老师
A:
%chk路径设得太烂，路径不要有空格
而且如果原先.chk存在的话，里面有一堆烂七八糟的信息，也可能导致当前计算出问题
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2016.08.29 23:18:48
Q:
各位大神，请问用什么数据来说明化学键的共价作用和闭壳层相互作用
A:
共价作用：不同类型键比较用键能，同类键比较也可以用键级、AIM分析给出的bcp信息等
非共价作用：看相互作用能以及这里提到的方法
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
同一个问题不要连续问两遍
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2016.08.29 23:39:59
Q:
老师好，我用CCSD(T)计算单点能出现[图片]错误，请问该如何处理？
谢谢老师！
A:
删了%chk这行再试
还不行把输入文件也传上来
硬盘空间不够
Q:
就是得想办法释放硬盘空间，对吧
A:
1 删垃圾文件腾空间，或者恰当设定rwf分割方式
或 2 降低计算级别
Q:
谢谢老师，计算机别我已经降了
另外及算单点能的时候我加了counterpoise
这个是不是也影响
A:
没必然关系
复合物单点能正常计算的情形，用counterpoise时原理上也能正常计算，因为复合物单点是counterpoise的5步过程中最耗资源的那步
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2016.08.29 23:49:41
Q:
Sob老师，Pop=ReadRadii关键词读取元素半径的时候有一个元素的半径读取不到，请问这种情况有办法解决吗？
A:
怎么读不到？
要读的元素和半径都是你自己设的
Q:
[图片]
A:
于是你自己设79号原子对应的元素的半径就完了
你都没搞清楚readradii的本意
Q:
奥，好的，请问老师，我原来没有设过元素半径
A:
CHELPG方法内置了一套半径，pop=chelpg时程序默认用内置的半径，诸如你这种情况，程序发现chelpg方法没有直接定义52号元素的半径，才需要
你额外用pop=readradii从坐标末尾后面空一行处读取自己给定的52号元素的半径
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2016.08.30 00:18:29
Q:
请教老师及各位，绘制molecular orbital disgrams（如下图所示）可以使用multiwfn吗？还是需要使用其他软件[图片]
A:
可以用CDA分析模块画
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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2016.08.30 00:22:48
Q:
opt 优化方向由一阶导数确定，那优化的步长如何确定/疑问
这个吗？难倒不应该由算法确定？人为决定是不是太粗糙了？
几何优化由初始构型开始，计算能量和梯度，然后决定下一步的方向和步长
A:
最陡下降法才是按一阶导数确定，可以人为定步长
量化用的优化方法大多基于牛顿法，直接按照计算公式确定
如果不直接给定步长，也可以按照受力方向上搜索出能量极小点（线搜索方法）当做新一步的位置
最陡下降法在末期收敛很慢很容易震荡，量化根本不用
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2016.08.30 00:32:21
Q:
[图片] sob老师，irc搜索是两个方向上的
1.这个得先找到过渡态结构吗？
2. 只有一个虚频就一定是过渡态吗？
A:
1 y
2 否
Q:
如果我想确定只有一个虚频的态是不是过渡态
得进行irc计算吗？
A:
否
你找过渡态，正常收敛了，做振动分析后只有一个虚频，这就是过渡态结构
而过渡态结构附近的结构（二次区域内）也都只有一个虚频
Q:
哦哦这样啊谢谢sob老师啦 /抱拳
那是根据什么如何找过渡态的？
A:
就是博文里说的过渡态搜索算法
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
Q:
/凋谢太多了看着看着前边就忘了
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2016.08.30 00:55:14
Q:
各位老师好，请教一个问题，我计算了一个结构的三种原子电荷（Hirshfeld ,Mulliken ,MK ESP ）和静电势，但是发现原子电荷值最低的邻位C原
子（3号和5号）的静电势值反而是除了与氧相连的C原子外最大的，请问这是什么原因造成的。[图片]
A:
考察的哪种原子电荷？前两种对静电势重现性是渣
考察的具体是哪个点的静电势？
Q:
主要是想判断反应位点，三种原子电荷得到的相对大小是一样，静电势是考察了极大值极小值离哪个原子比较近，也用Multiwfn计算了各个原子的
静电势，结果也是一样的
A:
是，转换方法在multiwfn手册第四章开头说了
Q:
老师，想再请教一下，我这种结构判断反应位点是应该以C原子为对象还是应该Cl原子呢？我也用了LOMO轨道和双描述符考察C的话结果都是对的，
就是原子电荷得到的反应顺序是反的。谢谢sob老师
A:
离分子表面静电势极值点的远近本来就和原子电荷大小没必然对应关系。拟合静电势电荷倒是与原子上方局部范德华表面上的静电势平均值关系更
密（Multiwfn可以分析），或者考察原子在分子平面上方诸如1.6埃静电势。
明知道反应不在Cl上就甭管它
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2016.08.30 00:55:14
A:
没有LOMO轨道，不要误拼
Q:
谢谢老师，不好意思，再请问一下没有LOMO轨道是什么意思？因为是自由基，所以用Multiwfn分析轨道时给出了两个自旋的轨道，我选择了能量低
的那个，画出了轨道图计算了前线轨道电荷密度，这样不正确吗？
A:
根本就不存在LOMO轨道这个词
HOMO、LUMO、SOMO只有这三样
Q:
[图片][图片]
A:
那个图明显是错的，哪有把Alpha轨道画到beta那边去的
----------------------------------------------------
2016.08.30 00:57:28
Q:
qst2 计算过渡态出现下面报错，但是我的结构编号对应没问题，结构差异我也已经降到最低，老师帮我看看，谢谢
[图片]
A:
用opt=ts
Q:
ts不是一个结构搜索过渡态吗，我的给出了初始和产物结构啊
A:
你直接给定初猜的过渡态不就完了
让你别用QST2，这不是什么好东西
Q:
可以先用Scan做个初猜，之后再用ts精确找吗？
激发态怎么办
A:
激发态找过渡态和基态一样
刚性扫描基本派不上用场
柔性扫描有时可以
----------------------------------------------------
2016.08.30 01:07:57
Q:
优化到了过渡态，不做频率分析，只做IRC，能连通反应和产物，也行吗？
优化到了过渡态，不做频率分析，只做IRC，能连通反应物和产物，也行吗？
A:
行
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2016.08.30 01:10:22
Q:
Sobereva老师，MS用AC构建晶胞时如果含有金属元素，怎么手动指定力场？比如醋酸钠，C,H,O,Na怎么分别指定力场？
A:
考察自由基的反应位点直接计算f0或者自旋布居就完了，别的甭用
----------------------------------------------------
2016.08.30 01:29:15
Q:
安装的g09 linux 试了下tests文件中的test001/002运算正常，但是输入自己的文件时候，出现如下错误
输入文件如下
[图片]
输入文件如下[图片]
不知道什么原因
A:
路径有空格是搞计算的人特坏的习惯之一
路径带中文也是特坏的习惯之一
----------------------------------------------------
2016.08.30 01:40:51
Q:
请问，做IRC时，一般多少个点做一次力常数计算？
[图片]
3个，可以吗？
[图片]
[图片]
请问，这个关键字科学吗？
A:
可以。一次都不做都可以。做得越频繁IRC越光滑
----------------------------------------------------
2016.08.30 01:41:59
Q:
在晶体中抠出的片段可以不优化直接计算NBO吗
A:
氢的位置要优化
Q:
没有氢原子呢
A:
那就可以直接用
----------------------------------------------------
2016.08.30 01:52:01
Q:
请问Sobereva老师，我计算弱相互作用加上D3BJ校正，这个校正对结构的优化过程与频率计算有影响么？
A:
有
Q:
那是不是优化的时候就直接加上这个关键词好些，因为后面用来RDG分析时候还要有fchk文件，那样就可以省事了，我看您的博文中说可以先用不加
校正的优化，然后用提出这个方法的那个软件再校正计算相互作用能。
A:
看具体什么体系、什么泛函
诸如B3LYP优化苯面面堆积二聚体，不加D3直接飞了，还怎么算RDG
如果B3LYP优化氢键体系，或M06-2X优化色散主导体系，优化加不加D3都影响不大
----------------------------------------------------
2016.08.30 02:39:12
Q:
[图片]这里面蓝色标记部分到哪里找，我没有找到呢？
A:
[图片]
Q:
[图片]老师，我是不是仿照这个写input文件就可以，基组用自己想用的
[图片]麻烦老师帮我看看我写的对不对
A:
对
Q:
谢谢老师
[图片]老师，为什么会出现这样的提示
A:
明摆着路径名不合法
路径都不会输的话直接把文件拖进窗口
Q:
文件夹随便放哪都可以吗
A:
显然
Q:
[图片]老师，在new.gif里面坐标后面这些用删掉吗
A:
你不用guess=cards从这里读初猜的话，写不写都一样，程序根本不管它们
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:04:48
Q:
ORCA消除虚频，用slowconv有效吗？老师们
A:
没用
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:17:51
Q:
大家好，想请问个问题。我优化出来一个对称性为Td的结构。但我还想算算这个结构其他的对称性的结构能量。也就是说想从高对称性往低对称性
上转变。
不知道有何办法是用的高斯计算的
A:
调整初猜，想办法优化出其它对称性的
当然初猜怎么摆，要看体系结合化学直觉来不断尝试。
如果是团簇，也可以用一些极小点自动搜索程序
Q:
请问极小点搜索程序是什么
A:
有一大堆，诸如我写的molclus
《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
还有ABCluster、CALYPSO等
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:25:59
Q:
[图片]Sobereva老师您好，计算分子与CO2相互作用的时候进行D3了校正，请问CO2需要校正么，发现校正前后CO2的能量相互4.3KJ/mol左右
A:
复合物和片段都必须考虑D3
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:29:16
Q:
请问一下，结构优化了很多次，初始结构是单键，但是优化出来总是是双键。请问单双键该如何判定呢。谢谢。[emoji]
A:
gview按距离判断的，没太大意义
实际是几重键算个Mayer键级就知道了
随着结构改变本来键强度也会变化
Q:
按单键考虑是不是有问题。这个Mayer键级如何计算呢。感觉自己还是不太会。
A:
用Multiwfn算，看手册4.9.1节的例子
[图片]
Q:
那个AIM盆分析看看非定域指数这个可以吗
在new.out中吗
A:
那叫离域化指数
算起来比Mayer键级慢得多
耗时高起码两个数量级
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:29:16
Q:
老师，E_SCF_1st这个能量我没有找到
A:
就是#P输出的SCF的第一步的能量
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:31:37
Q:
symm(PG=)这个指令对于降低对称性有帮助吗感觉没什么用呢
A:
没用
----------------------------------------------------
2016.08.30 03:35:19
Q:
gaussian的初猜用的啥方法？
A:
DFT默认harris泛函
Q:
HF呢
A:
也是
Q:
老师你做了DIIS吗？
A:
做了
Q:
这个对帮助收敛有多大效果
A:
效果拔群！
Q:
(⊙o⊙)哇
A:
DIIS真是极好的
Q:
DFT的纯泛函收敛很难
而且收敛的步数很多。
A:
对
DIIS能让纯泛函收敛难度降到和HF相仿佛
Q:
DIIS原理是什么
A:
基于之前好几轮的fock矩阵以及相应的误差向量，外推出当前步的fock矩阵
Q:
嗯嗯，我做做看。谢谢老师
A:
可以看看这个原文
Journal of Computational Chemistry, Vol. 3, No. 4,556-560 (1982)
博文里也有简要介绍
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
一般取前几轮？
嗯嗯，谢谢老师
A:
我用7轮
SVWN/6-31G*算水。0.5阻尼（默认0.25，难以对付纯泛函故增大），不开DIIS
[图片]
程序默认的0.25阻尼，开DIIS
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:09:22
Q:
[图片]几何优化，用了cacall，最后居然局对水平了，求教可能的原因
A:
看虚频是不是羧酸根左右摇摆的模式，是的话说明初始结构对称性太高
Q:
几何优化，用了cacall，最后能量居然绝对水平了，求教可能的原因
A:
看轨迹结构变化
尝试减小步长上限
calcall不是阿司匹林
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:13:32
Q:
老师，这个泛函[图片]
和高斯的lc-wpbe基本组成是一样的吧？
A:
应该是
Q:
除了默认不同（前面w=0.3,而后者w=0.4）
如果调节w相同，这两个泛函是不是一样的？
w变，泛函就变了
A:
估计一样，只相差w
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:24:46
Q:
频率分析用来干什么，哪些计算需要做频率分析，？
sob什么时候有有空可以写频率分析的总结
有？
A:
主要目的无非就是
1 验证极小点、过渡态
2 获得热力学量
3 获得振动光谱
Q:
原理呢
A:
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:33:38
Q:
老师，您好，向您请教一个问题，我们如何判断一个气体分子（如H2或者O2）在金属或者金属氧化物表面的吸附态（主要是均裂和异裂）呢？从我
们计算化学的角度有哪些手段可以判断呢？谢谢Sob老师～
A:
原子电荷
Q:
谢谢Sob老师，如果发生异裂我可以想出是两个原子带相反的电性，可是均裂呢？是都带正电或者都带负电还是均可能？
A:
都可能
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:43:03
Q:
Sobereva老师您好，[图片][图片]我加色散校正优化的时候有虚频，如果去掉EmpiricalDispersion=GD3BJ关键词就没有虚频了，虚频确实是您说的
那样左右摆动，请问这个怎么处理啊？
A:
这种体系根本甭加色散校正，根本不需要
而且E01之前用D3BJ算频率有时有问题
不要加弥散，这种体系根本不需要
Q:
恩，好的，我还有个疑问，因为这个是阴离子，到时候还要和阳离子结合，然后和别的分子产生氢键作用，到时候体系会用色散校正，您不是说片
段也要统一么，这个不加的话，计算能量什么的也没有什么问题吧。比如上次提到的CO2加色散和不假能量差4.3KJ/MOL左右，然后CO2这个是不是也可以
不加啊？
A:
优化和频率分析时候用D3，甭用D3BJ
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:47:21
Q:
CPU是 i7-4790 CPU 4核8线程
VMware虚拟机中的"处理器数量"和"每个处理器核数"
如何设置才能达到最好的效果
去网上查了下该问题，说法各不相同，没法确定哪种较好。
A:
一个处理器，4核
----------------------------------------------------
2016.08.30 04:47:47
Q:
[图片]
用VMD做的图请问为什么感觉雾蒙蒙的
需要调哪个参数
（黑背景下很清楚）
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
看第一条
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2016.08.30 04:53:38
Q:
请问老师， CPU 的两种类型， Intel Xeon E5-2683 v3，2 GHz， 14核，28线程，和Intel Xeon E5-2640 v3， 2.6 GHz， 8核，16线程，两
种比起来那种计算快，好呢？？
有哪位大神知道，帮忙回答下啊，谢谢
A:
得看什么程序算什么
前者快的几率比后者高
前者快的几率比后者高一点
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2016.08.30 05:15:54
Q:
老师，用multiwfn做能量分解分析的时候，按照输入顺序，当进行到2//There are two fragments in total这一步的时候multiwfn自动关闭是怎么
回事@Sobereva
A:
输入文件有毛病或者输入的命令不对
----------------------------------------------------
2016.08.30 05:48:31
Q:
[图片]
这个入就是本征值，即相应正则模式的力常数？@Sobereva
A:
y
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2016.08.30 05:50:28
Q:
http://www.nature.com/nchem/journal/v8/n9/pdf/nchem.2535.pdf
难得啊，Nat Chem发了一个DFT的benchmark
[图片]
Bench mark到底是啥意思呢？
现在单纯计算发nature难如登天
scan是什么鬼？
看了下一作Jianwei Sun，可能是DFT大牛Perdew的学生，从10年就开始搞DFT，还发过个PRL
文章其实只说明一件事
pbe0+ts是个好东西
scan绝壁很耗时，pbe0+ts可以接受，总结pbe0+ts是好东西
人家卖的肯定是acan
好不容易发了篇nature啊
ccsd(t)以上还有更准的方法么
A:
CCSD(TQ)、CCSDT
Q:
就跟HSE一样，只有土豪能用
去年有个Science，就是证明了精度CCSD(T)>CCSD>MP2
phonon计算显然不耗时
raman才耗时
所以ccsdt我根本不想去想
我上次一个raman20真核心算了70多天
Ccsdt谁说过就是“猜猜谁蛋痛”
上了20个电子，别去碰
真的会蛋疼
长春市打胎。。。。。。。。为什么我是这个
hse06也是，不是土豪别去碰，不然也会蛋疼的
所以这篇nature没有意义
说了半天scan我们又用不了
理论上cc系列可以一直弄下去以至于ccsdtqph么 (三四五六七…)
A:
可
最后就是FCI
Q:
pbe0+ts对这个体系好，我们早知道了
A:
至多PRL的忽悠到nat上有什么意思
Q:
量子计算机普及，量化这些玩意也就随手算算，很快各个软件的功能该有都有，于是是个人就能算，体系还不算小，从头算动力学都不算啥，量化
软件就像试管烧杯红外色谱荧光乱七八糟一堆仪器一样。这时候你再研究量化？
也许量子计算机出现后，证明CCSDT远不够精确……
CCSDT当然远不够精确。静态相关呢
A:
CCSDT已经可以解决很大一部分静态相关了
Q:
JCTC上有人造了这个个长链分子并做了计算
[图片]
也许量子计算基出现后，薛定谔方程可以得到非常精确的解，然后大家发现，薛定谔方程本身也只是个非常粗略的近似……
到那时从头算动力学都不算啥。现在这种量化基本早就被人忘了吧
A:
反倒是计算机性能极强的时候估计高阶耦合簇倒会更流行，因为黑箱式解决动态+静态相关，比起多参考还得考虑活性空间痛快太多了
Q:
这么来看，咱这些人的工作毫无意义，量子计算机出来了，咱的工作全是垃圾……既然如此，为何还要在这上面耗费生命？
内存是更大的瓶颈，CCSDTQ567...啥的得有几个TB的内存才能爽快的计算，不然多快的CPU都得被IO拖垮了
也许会有量子内存出现……
我听说量子蒙卡更适合量子机……高阶耦合簇除非在理论和算法上有平地惊雷式的突破，起码时间复杂度降到4次方这样，否则永远不可能在经典机
上实用
或者到那时根本就不需要内存，要啥直接重新算就行了，不需要读写
A:
这些讨论都属于科幻量子化学
Q:
想绝大多数科幻一样，悲观的未来……
A:
就是白日梦
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2016.08.30 08:23:19
Q:
sob老师，问您下，我按照Multiwfn_3.3.8_src_Win中的说明编译，选择的是VS2013,IVF编译，项目（控制台空项目）配置属性按照您的说明文档里
面配置了，Release模式编译，但是出现了很多LNK2019的错误，那个dll和lib库是要在哪里配置调用么？还是项目配置里面有其他的需要配置的呢？
A:
dll是运行时才用的，bin包里有
.lib在src包里都提供了，添加进工程就完了
Q:
现在是第一步编译的时候，我建立了一个空项目，然后添加进来所有的fortran的源码文件，编译就报错
A:
还得加进lib啊
[图片]
Q:
好滴，看到了，那几个没加进去
谢谢sob老师
还是不行，这些文件拖进去，提示错误：15 error LNK2005: _for_allocate 已经在 libifcoremd.lib(libifcoremd.dll) 中定义
libifcoremt.lib(for_vm.obj)
A:
没碰见过。反正用我这个编译器，按照编译方法文档里编译，绝对没问题
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.30 16:36:10
Q:
请问我优化时使用了scf=xqc 那频率计算时还用加它吗
OK 谢谢
A:
默认情况下SCF能收敛就甭加它
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2016.08.30 16:39:41
Q:
用WFN看分子轨道成分的时候怎么能得到归一化的百分比
没有啊[图片]
你看这个就没有归一化
加起来多少？我只看前两位口算都到96%了。。。
(整理Q&A) [图片]算了一下下面的和与上面的97.40是一致的
不是告诉你有3%的里德堡？
不好意思学渣能解释一下吗
A:
里德堡成份是指那些没法解释的乱七八糟的部分，这里6.4节写得很清楚
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
原理在群共享里的《分子轨道成分的计算》里写得也很明确
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2016.08.30 17:07:03
Q:
请问有没有波函数分析程序能够读取波函数分析得到能量分布
A:
没有这种程序。什么叫能量分布
Q:
求动能密度，在能量坐标上画出来
A:
什么叫能量坐标
Q:
以动能为横坐标
请问您的multwfn动能密度画出来的是什么样的图，
A:
曲线图、平面图、等值面图
对任何实空间函数都能画这些图
曲线图、平面图、等值面图分别看手册4.3、4.4、4.5节的例子
Q:
好的，我去查一下，谢谢老师
multwfn可以观看波函数在动量空间的分布吗，请问
A:
看手册2.7节里函数71~74的描述是否是你要的
----------------------------------------------------
2016.08.30 17:13:56
Q:
固体材料计算原理上能用MP2，CI, CC等方法算吗
A:
可以用local版本
还有，不要给我发私窗
Q:
local版本是什么意思
A:
如LMP2
基于定域化轨道的版本
Q:
现在什么软件支持Local版本呢
A:
Crysor
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2016.08.30 18:43:31
Q:
请问老师，在算N的NMR的时候，怎么能知道算出来的是N14还是N15的NMR呢？用的高斯中的关键词NMR直接计算的。谢谢老师~~~
A:
算NMR不受同位素影响。显然要和实验对比对比的是15N的，14N实验根本没有信号。
Q:
sob老师~ N14是有NMR信号滴，出得峰只是特别的宽。所以实验上很多时候用N15，这样出得峰是尖锐的峰。所以我在计算的时候总在纠结，那高
斯算出来的到底是N14呢还是N15呢。
A:
不是之前回复过了
一样
根本和同位素无关
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2016.08.30 18:54:45
Q:
Sob 老师，我想通过计算N2-N2的相互作用能得到一条Lenard-Jones形式的只跟r有关的势能曲线。但是考虑到N2-N2有不同的角度，看了您的静电
效应的文章后，我想挑出L,H,T,Z,X等几种特例，看成异构体，然后按每种构型的能量最低点做玻尔兹曼分布，然后加权平均。想问下您，您觉得几种情
况做玻尔兹曼加权平均这个想法合理吗
A:
虽然也可行，但建议你也看看前人的文章
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.30 22:35:02
Q:
各位大侠multiwfn中请问怎么调大2D ELF图输出尺寸呀？
A:
字号不要超过12，否则看着很难受
如果是图像涉及的范围太小，设定作图平面时增加延展距离
如果是保存出的图像素太小，看手册2.8节调整settings.ini的参数
----------------------------------------------------
2016.08.30 22:42:16
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
WFN是啥？如果是Multiwfn不要简写，看此文第四条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Multiwfn输出的轨道成份本来加和就是100%。
----------------------------------------------------
2016.08.30 22:53:21
Q:
群主，请问你们培训vasp和lammps么？
A:
不
Q:
怎么不培训vasp啊？
A:
为什么培训
Q:
因为也有很多人需要学啊，这样你们也可以收取一部分费用啊
A:
为什么很多人需要我就非得开培训？
Q:
/抠鼻
A:
我办培训也不是纯经济利益驱使的
Q:
说的好
/强
[表情]
/鼓掌
[表情]
[图片]
是
A:
如果是那种山寨培训的质量，开十几、二十几个程序的培训都没问题
我为一个培训花的精力、时间就顶开10个山寨培训的
Q:
群主，那如果有vasp的问题可以问您么？
sob老师的培训有内涵的。
A:
VASP不是我主要方向。问题你可以在计算化学公社论坛的第一原理版询问
----------------------------------------------------
2016.08.30 23:05:01
Q:
老师，CAS(8,8) 这种计算出来的，如何从Final one electron symbolic density matrix: 里面找到lumo的系数？
A:
不可能从密度矩阵中获得轨道系数
Q:
我看一篇文献，他就在信息里面列了这个，然后就告诉了lumo
这种cas（8,8）要如何指定lumo呢？
A:
什么叫指定？
Q:
整个过程是
第二步：#P CAS(2,2)/6-31G* guess=read
我们做CASSCF时不需要调换轨道顺序，因为HOMO和LUMO就是要用的两个轨道。输出的信息中看到
Configuration 1 Symmetry 1 10
Configuration 2 Symmetry 4 ab
Configuration 3 Symmetry 1 01
以及
( 1) EIGENVALUE -156.0256130028
( 1) 0.7961444 ( 3)-0.6051067 ( 2) 0.0000000 (
其中组态1就是ψG，组态3就是ψD。c1=0.7961444，c2=-0.6051067，故此体系的双自由基特征=2*(-0.6051067)^2=0.732。
我是看你这里计算得到的c2
如果是cas（8,8）这个c2 要如何能看出来？
就是您这个例子举的是cas（2,2）如果我换成cas（8,8）到时候如何再分析输出结果？
A:
不管CAS几几，都去找对应基态占据和双激发到LUMO的组态编号，然后看这两个组态在CASSCF基态波函数中的系数
----------------------------------------------------
2016.08.30 23:09:15
Q:
我想请教一下问题，VASP输出的波函数，Multiwfn是否支持，之前看帖子的时候，Sob老师提到了这个问题，不知道新版本的是否增加了这一功能？
A:
不支持
支持平面波是个巨大工程，目前没时间搞
----------------------------------------------------
2016.08.30 23:20:25
Q:
老师想问一下，哪里写错了
[图片]
A:
溶剂名哪来的空格
Q:
空格去掉了也还是报错
A:
意义不明。描述不清楚就贴个例子图
Q:
[图片]
A:
不要写手册里scrf关键词部分没写的溶剂名
你这是随意自行发挥
Q:
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm@灵嗳柒
甲醇不是应该是methanol么？
链接404not found
A:
分明能打开
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.30 23:46:19
Q:
请教一下各位老师，在B3LYP/TZVP水平下寻找的反应路径，提高基组后只有基态合适，其他的电子态部分不合适了，这说明路径有问题还是什么？
就是考虑到精度不够，所以方法不变，提高了基组，之前找好的反应路径，对于基态没问题，但对于其他态走不下去了
比如说反应体系（三重态是基态），在B3LYP/TZVP水平下，单，三，五重态都找到了同一条反应路径，但提高基组后，只有三重态的路径还正确，
对于单重态和五重态，反应路径就找不到了
A:
换6-311G**，如果还这样，再尝试从找过渡态的方式上找原因；如果死活还不成，说明小基组下的结论根本就不对
Q:
老师，有没有可能基态下有好几条反应路径，但其他态上只有一条呢？
A:
指通向不同产物的路径？
也有可能
----------------------------------------------------
2016.08.31 00:10:52
Q:
大神们，用NBO怎么算键级啊
A:
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
http://sobereva.com/74
----------------------------------------------------
2016.08.31 00:29:00
Q:
[图片]请问一下各位老师同学，怎么在DFT下没有找到M06-2X？
直接在gjf里面替换B3LYP可以吗
A:
所以说不要依赖gview，否则只能停留在菜鸟水平，连M062X都用不了
----------------------------------------------------
2016.08.31 00:41:57
Q:
sob老师，关于DIIS我有个地方不明白，构造出误差矩阵e后，B矩阵的矩阵元<ei|ej>是怎么构造出来的？
A:
就是ei和ej两个矩阵乘之后取迹
----------------------------------------------------
2016.08.31 00:59:44
Q:
请问一下，B3PW91和BPW91两种方法结果差的多吗，计算速度上相差大吗
A:
结果差异不小。用高斯的话速度基本无差异
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2016.08.31 01:12:55
Q:
请问用6-31++（d，p）算过渡金属时是与lanl2Tz搭配么？[图片]为什么不能搭配lanl2dz
A:
当然可以搭配lanl2DZ。只不过TZ结果更好
不要给氢加弥散
----------------------------------------------------
2016.08.31 01:20:59
Q:
[图片]优化后过氧键断开了，进行键级分析时出现了过多的键，怎么办？[图片]
A:
忽略键级小的，只看键级大的
如果用了弥散函数必须去掉
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2016.08.31 01:29:03
Q:
服务器的 1mw 等于多少MB？
哪位大神知道啊
A:
8
----------------------------------------------------
2016.08.31 01:52:46
Q:
请问大家，这个物质以及它的离子化态，优化和计算能量，用6-31G（d,p)可以吗？有没有需要加弥散函数呢.....
[图片]
我也看了，没看明白所以才问的诶....
按照我的理解，电子运动范围广的可以加弥散，不知道对不对，那这个分子，它的电子运动范围算不算广欸....
[表情][表情]我来看看培训的课外阅读
/晕/晕我来看看培训的课外阅读
A:
讲义和博文都说得很明白了：
弥散函数对于很多问题的研究十分重要，包括色散主导的弱相互作用、电子亲和能、偶/多极矩、(超)极化率、里德堡激发态、阴离子体系等等。对
于势垒计算精度也有一定改进。
课外阅读你绝对看不懂
除了上述情况绝对不许加弥散
Q:
绝对看不懂。。社长好绝情
A:
实话实说罢了
课外阅读正是指，课内的都能学懂了，有余力才能再看课外零零碎碎的
Q:
其实觉得社长讲义和博文加起来就能解决绝大多数问题
社长讲义每次看完我都锁柜子
A:
像上面那个体系，做优化算能量的目的，按照讲义/博文所述，显然只有算阴离子态的时候才需要弥散。没任何难以理解的
----------------------------------------------------
2016.08.31 03:08:28
Q:
-------------Deleted-------------
[图片] 【冒泡】Seal!ng 分享文件 19:08:34
"倡议书.pdf" 下载
A:
踢了
发的什么倡议书居然是2010年的，什么鬼
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2016.08.31 03:24:56
Q:
DIIS做出来了，只是，没啥效果[emoji][emoji][emoji]
DIIS做出来了，只是，没啥效果
虽然最后结果对了
不仅没有减少迭代次数，反而使迭代次数增加了[emoji]
一定是我打开方式不对[emoji]
一定是我打开方式不对
A:
那你肯定没搞对
Q:
DIIS里面用的是用阻尼后的密度矩阵。
把阻尼去了以后，就有用了
有效果了
从42步减到了17步
A:
一开始用阻尼，等到达DIIS触发条件的时候就把阻尼设成0
阻尼+DIIS疗效好
Q:
嗯嗯
正打算这样改
一般来说2-3步就触发了
A:
对
Q:
/呲牙/呲牙/呲牙
[表情][表情][表情]
效果太好了
81步锐减到19步
高斯用了16步
还是不如它
哎
A:
高斯初猜还好呢
Q:
也是哈
我用的core
算是最差的一种了。。。
A:
可以和高斯guess=core比
Q:
嗯嗯
高斯还是16步
我的阻尼用的0.3
我改成0.2试试
改成0.2后就18步了
已经可以和高斯有一拼了
A:
高斯的收敛方法更sophisticated，参看DOI: 10.1063/1.1470195
不过阻尼+DIIS我已经很满意了，不打算为了减少几轮迭代而再费更多功夫
Q:
嗯嗯
我也是
A:
应该没有几个程序在SCF收敛上能赛过高斯
----------------------------------------------------
2016.08.31 05:04:59
Q:
使用Gaussian可以进行加压优化吗？关键词是什么？谢谢
A:
不能
----------------------------------------------------
2016.08.31 05:40:26
Q:
请问：密度拟合基组aug-cc-pvxz系列和月份基组哪一个原理上更完备？如果在计算量大致相当的情况下哪一个更精确？谢谢！
抱歉，我可能没有表达清楚。我是指aug-cc-pvxz配合相应的密度拟合基组 vs 月份基组
A:
前者完备
----------------------------------------------------
2016.08.31 16:31:20
Q:
咨询一个问题，这个同位素，会不会改变势能面？谢谢
偶，为啥子？我不太懂哈，问的比较水。同位素，核的质量变了？势能面不是与原子核有关？还是我理解错了？
咨询一个问题，就是加入把一个分子的H换成了氚，分子的重组能是不是不变？那频率如何变化呢？谢谢指点
A:
频率显然变化，振动频率会降低。重组能不变因为势能面不变，算重组能靠的是电子能量
----------------------------------------------------
2016.08.31 18:21:40
Q:
gaussview 能从chk 中显示natural orbital 吗？
那么如果要做CASSCF的话，我能怎么看UNO 的轨道是在active区域的的是我希望的呢。因为我按MO看我是需要guess=Alter 的。但是如果是pop=NO
然后看轨道系数，我又不需要调整我的这个轨道。那么我应该如何看呢？ (整理Q&A)
A:
把自然轨道转存到chk里就能看了，否则chk默认存的是MO
转存方法看Multiwfn手册第四章开头
----------------------------------------------------
2016.08.31 18:57:09
Q:
请问各位大神，用td做激发态，最后高斯结果都正常，Multiwfn做跃迁密度矩阵图时需要读入fch文件时候，显示不出图来。怎么回事
[图片]
这是H2O第一激发态的.out和.fch文件
[图片]
可是我这个不出图
[图片]
按理说点击1show transition density matrix map 就应该出图，可我这边总是一片空白
找NBO相关的帖子，小木虫和思想家公社里有，以前看过。
找NBO相关的帖子，小木虫和思想家公社里有，以前看过。
找NBO相关的帖子，小木虫和思想家公社里有，以前看过。
A:
你先把手册里的例子完整重复一遍。
八成是你在高斯里没用对关键词
----------------------------------------------------
2016.08.31 19:27:39
Q:
各位老师，电荷分布怎么计算，有相关帖子吗？
[图片] 麻烦问一下，（）中的值就是原子所带电荷嘛？
谢谢
A:
群共享《原子电荷计算方法的对比》。不要去小木虫，几乎全是错的
电荷分布跟NBO完全没有强烈联系。
----------------------------------------------------
2016.09.01 00:03:08
Q:
怎么用高斯计算两个分子间的结合能啊？？
A:
Hello！整体能量减去片段能量
----------------------------------------------------
2016.09.01 00:24:49
Q:
分子内有闭壳层作用吗
拉普拉斯量大于0是说明分子内是闭壳层作用吗
各位大神，求解
那是不是就应该有开壳层相互作用啊
我想讨论一下乙炔和乙烯的化学建中闭壳层作用，应如何让讨论啊
闭壳层相互作用
只看能量密度H能分析出什么呀
A:
有。光靠bcp拉普拉斯不能作为可靠依据，起码得作图。看此文
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
“乙炔和乙烯的化学建中闭壳层作用”根本没法这么说。乙炔和乙烯之间哪有化学键
----------------------------------------------------
2016.09.01 00:56:27
Q:
老师好，我想问一下体系中只含有苯和B(OH)4-这个自旋多重度是1，那它是开壳程还是闭壳程呢？上课时候老师说自旋多重度为1时，可以是开也可
以是闭，开和闭计算出来差好多，所以想问问，这个体系是开壳程还是闭壳程？谢谢各位老师
谢谢您，可是alpha和beta的空间分布不同的话可能是开壳程吗？这个空间分布怎么看呢？
双自由基体系的话，不是应该是开壳程吗？是这样吗？
那这个就是开壳程了吗？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2016.09.01 01:03:39
Q:
gaussian casscf 用来优化结构如何？能计算多大体系啊
A:
没事甭想着用CAS优化。DFT足矣
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2016.09.01 02:39:42
Q:
直接从晶体中抠出一个阴离子重复基团来计算荧光和磷光光谱有意义吗
A:
有
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2016.09.01 03:35:10
Q:
，前线轨道分析用到的fchk文件是由光谱计算后生成的chk文件生成还是由结构优化后生成的chk文件直接生成?
A:
就是你算光谱那个结构下，计算光谱用的基组下单点任务产生的fch文件。当
然你用光谱计算直接产生的fch也行
就是你算光谱那个结构下，计算光谱用的基组下单点任务产生的fch文件。当然你用光谱计算直接产生的fch也行
Q:
数值的正负号不影响其轨道贡献吧？
A:
什么正负号？
Q:
[图片]
A:
正负号怎么了？很正常
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.09.01 03:47:05
Q:
请问Sob老师及各位，我查到文献中Pd催化C-H使用SDD/MWB10偃势及基组我查了Gaussian手册没有明白应该怎样书写是写成
Pd
SDD=MWB 还是
Pd
SDD/MWB ？
再追问一下，这个偃势及基组与ECP28MWB相比哪个会更好？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
看第6节
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2016.09.01 04:24:35
Q:
请问为什么我所有计算的结构结果中都是c1？如果要得到C2v等结果是不是要在优化前对点群进行设置，然后优化时也不能选择nosymm吗？
那如果我也不知道稳定结构的对称性，通过什么方法可以优化出合理的点群结果？
请问为什么我所有计算的结构结果中都是c1？如果要得到C2v等结果是不是要在优化前对点群进行设置，然后优化时也不能选择nosymm吗？
那如果我也不知道稳定结构的对称性，通过什么方法可以优化出合理的点群结果？
铁的水合离子
分量都不大，简单的小分子配体
我就好奇如果不知道点群，如何能确保优化得到的结果合理可信呢？加不加nosymm对对称性有什么影响不？
A:
gview里先对称化，确认能判断出点群再计算
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2016.09.01 04:29:10
Q:
老师好想请教一下 Multiwfn生成的轨道文件怎么改变显示的颜色？谢谢
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
这里说了
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2016.09.01 05:21:46
Q:
请问一下：我优化一个分子用CCSD可以但是用CCSD(t)就报错谁知道为啥
A:
甭用CCSD(T)优化，这是很烂的做法，超级耗时，结果也不比合适的泛函优化强哪去
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2016.09.01 05:56:56
Q:
[图片]出现这个只是循环数的问题吗
谢谢老师
A:
先确认用的计算级别足够准确。
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2016.09.01 06:16:33
Q:
不太明白，好像打电话请教
如何确认能不能判断出点群呢？
A:
[图片]
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