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标题: 蛋白—配体复合物在模拟过程中配体脱离蛋白，但结合能大约-20 KJ/mol，这种情况正常吗 [打印本页]

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Author: yangyuan 时间: 2023-11-17 21:45
标题: 蛋白—配体复合物在模拟过程中配体脱离蛋白，但结合能大约-20 KJ/mol，这种情况正常吗
AMBER模拟蛋白—配体复合物在水环境中的动态变化，模拟300ns后提取数据发现，在模拟过程中会有配体脱离蛋白的情况，但后续算MMPBSA又能得到大约-20 KJ/mol的结合能，这种情况正常吗

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Author: sobereva 时间: 2023-11-17 23:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白—配体复合物” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-18 12:43
尝试更严格的FEP/TI方式计算结合自由能再对比

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