计算化学公社

标题: 同样的配置,vasp计算相同的任务,为什么速度差别很大? [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 2023-11-18 09:33
标题: 同样的配置,vasp计算相同的任务,为什么速度差别很大?
请教大神，同样的配置，vasp计算相同的任务， INCAR  POSCAR KPOINTS  POTCAR  都一样，为什么速度差别很大? 都是用16核，一台一步也计算出来，另一台已经几十步了。
配置一：

Architecture:       x86_64
CPU op-mode(s):       32-bit, 64-bit
Byte Order:          Little Endian
CPU(s):             20
On-line CPU(s) list: 0-19
Thread(s) per core: 1
Core(s) per socket: 10
Socket(s):          2
NUMA node(s):       2
Vendor ID:          GenuineIntel
CPU family:          6
Model:                62
Model name:          Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2690 v2 @ 3.00GHz
Stepping:             4
CPU MHz:             3299.926
CPU max MHz:          3600.0000
CPU min MHz:          1200.0000
BogoMIPS:             5999.96
Virtualization:       VT-x
L1d cache:          32K
L1i cache:          32K
L2 cache:             256K
L3 cache:             25600K
NUMA node0 CPU(s):    0-9
NUMA node1 CPU(s):    10-19

配置二：
Architecture:       x86_64
CPU op-mode(s):       32-bit, 64-bit
Byte Order:          Little Endian
CPU(s):             20
On-line CPU(s) list: 0-19
Thread(s) per core: 1
Core(s) per socket: 10
Socket(s):          2
NUMA node(s):       2
Vendor ID:          GenuineIntel
CPU family:          6
Model:                62
Model name:          Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2690 v2 @ 3.00GHz
Stepping:             4
CPU MHz:             3299.926
CPU max MHz:          3600.0000
CPU min MHz:          1200.0000
BogoMIPS:             5999.87
Virtualization:       VT-x
L1d cache:          32K
L1i cache:          32K
L2 cache:             256K
L3 cache:             25600K
NUMA node0 CPU(s):    0-9
NUMA node1 CPU(s):    10-19

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-11-18 11:11
软件方面的环境如何？系统、MPI版本/实现、编译选项、运行参数是否一致？
硬件上的差距不应该导致这么大的差异，几十倍的速度差距应当首先考虑软件上是不是有什么问题。

作者
Author: wmg166 时间: 2023-11-18 16:03

啊不错的飞过海发表于 2023-11-18 11:11
软件方面的环境如何？系统、MPI版本/实现、编译选项、运行参数是否一致？
硬件上的差距不应该导致这么大的 ...

都是Linux localhost.localdomain 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23:39:32 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

作者
Author: abin 时间: 2023-11-18 17:44

wmg166 发表于 2023-11-18 16:03
都是Linux localhost.localdomain 3.10.0-957.el7.x86_64 #1 SMP Thu Nov 8 23:39:32 UTC 2018 x86_64 x8 ...

先把系统时间弄对。

数一下内存数目……

或者运行如下的指令，贴一下硬件参数
curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash

作者
Author: 乐平 时间: 2023-11-19 10:54
你这两个 CPU 参数是怎么得到的？

是分别 ssh 到计算节点（假设其中一台是 node01，另一台是 node05）?

还是仅仅只是在管理节点查看的？

作者
Author: wmg166 时间: 2023-11-26 16:18

乐平发表于 2023-11-19 10:54
你这两个 CPU 参数是怎么得到的？

是分别 ssh 到计算节点（假设其中一台是 node01，另一台是 node05）?
...

ssh 到计算节点。也是在节点的root下查到的

作者
Author: wmg166 时间: 2023-11-26 16:45

啊不错的飞过海发表于 2023-11-18 11:11
软件方面的环境如何？系统、MPI版本/实现、编译选项、运行参数是否一致？
硬件上的差距不应该导致这么大的 ...

一台机器上是能联网  ping 百度是通的，用的是parallel_studio_b.lic2019  和 parallel_studio_b.lic，编译的 vasp5.4.4 运行起来很慢；
另一台没联网，用 parallel_studio_b.lic2018  和 parallel_studio_b.lic编译的 vasp5.4.4 运行起来快一些。
是不是这些机器与parallel_studio_b.lic2018 和比较兼容  ？

作者
Author: wmg166 时间: 2023-11-26 16:45

啊不错的飞过海发表于 2023-11-18 11:11
软件方面的环境如何？系统、MPI版本/实现、编译选项、运行参数是否一致？
硬件上的差距不应该导致这么大的 ...

作者
Author: wmg166 时间: 2025-2-4 09:10

abin 发表于 2023-11-18 17:44
先把系统时间弄对。

数一下内存数目……

# curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash
  % Total % Received % Xferd  Average Speed Time Time    Time  Current
                              Dload  Upload Total Spent Left  Speed
100  7391  100  7391 0    0  39165    0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 39313
Unknown

作者
Author: wmg166 时间: 2025-2-4 09:23

abin 发表于 2023-11-18 17:44
先把系统时间弄对。

数一下内存数目……

$ curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash
  % Total % Received % Xferd  Average Speed Time Time    Time  Current
                              Dload  Upload Total Spent Left  Speed
100  7391  100  7391 0    0  27123    0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 27273
Unknown

作者
Author: wmg166 时间: 2025-2-4 09:24

wmg166 发表于 2025-2-4 09:23
$ curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash
% Total % Received % Xferd Average Speed Time ...

$ curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash
  % Total % Received % Xferd  Average Speed Time Time    Time  Current
                              Dload  Upload Total Spent Left  Speed
100  7391  100  7391 0    0  34892    0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 35195
Unknown

作者
Author: abin 时间: 2025-2-4 13:22

wmg166 发表于 2025-2-4 09:24
$ curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash
% Total % Received % Xferd Average Speed Time ...

将如上输出信息, 贴给任何一个AI, 都会告诉你,
请检查您的网络....
请检查您的DNS是否工作....

网络不佳呢,
可以试试这个:

curl https://doc.labitc.top/hwinfo | bash

复制代码

当然, 这个也工作正常

curl http://tophpc.top:1080/hwinfo | bash

复制代码

可能需要root用户来执行部分模块/指令.

如对hwinfo内容有疑问/疑虑, 可以浏览器访问
http://tophpc.top:1080/hwinfo
或者
https://doc.labitc.top/hwinfo

将脚本内容贴给任何一个AI, 问问看是否存在安全隐患?

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