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标题: sobtop无法生成MS画的SiO2的itp [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2023-11-18 15:09
标题: sobtop无法生成MS画的SiO2的itp
大家好，我用vmd生成的层状SiO2.pdb却可以被Sobtop识别生成itp。
但使用MS生成的层状SiO2的pdb，再用Sobtop生成itp文件时原子不被识别。
请问如何解决，感谢回答！（MS生成的SiO2.pdb已上传）

作者
Author: 五月雨 时间: 2023-11-18 19:27
通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-18 20:44
把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换，几秒钟就解决了

作者
Author: Jus 时间: 2023-11-19 09:12

sobereva 发表于 2023-11-18 20:44
把有的列末尾的2-和1-都删除掉就行了。做个批量替换，几秒钟就解决了

谢谢sob老师，好使了

作者
Author: Jus 时间: 2023-11-19 09:12

五月雨发表于 2023-11-18 19:27
通过gaussian view转存成mol2文件就可以了

感谢回复，之前试过了，还是不行

作者
Author: 五月雨 时间: 2023-11-21 13:32

Jus 发表于 2023-11-19 09:12
感谢回复，之前试过了，还是不行

我用你给的文件试了，没发现问题

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