计算化学公社

标题: 求助:使用tleap建模后，蛋白质结构发生改变 [打印本页]

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-18 19:07
标题: 求助:使用tleap建模后，蛋白质结构发生改变
本帖最后由 lzy233 于 2023-11-18 22:03 编辑

使用tleap建模后，蛋白质结构发生改变，这种情况该怎么处理呢？确实没有思路

使用的代码：
source leaprc.protein.ff14SB
pro = loadpdb protein_removeH.pdb
check pro
source leaprc.gaff
loadamberparams ligand.frcmod
lig = loadmol2 ligand_resp.mol2
check lig
com = combine {pro lig}
check com
source leaprc.water.tip3p
solvatebox com TIP3PBOX 10.0
charge com
addIons2 com Cl- 0
check com
saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd

acpype -p com.prmtop -x com.inpcrd

生成前的结构
(, 下载次数 Times of downloads: 14) 生成后的结构
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-11-19 11:56
可以检查你的PDB是否有多条链被识别为一条的情况，或者链中间是否有缺失部分，如果存在上述情况，tleap会将间断部分连起来，从而出现问题

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-21 01:33

Frozen-Penguin 发表于 2023-11-19 11:56
可以检查你的PDB是否有多条链被识别为一条的情况，或者链中间是否有缺失部分，如果存在上述情况，tleap会将 ...

确实断链了该怎么修复呢？Swiss-model重新建模吗？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-11-22 19:46

lzy233 发表于 2023-11-21 01:33
确实断链了该怎么修复呢？Swiss-model重新建模吗？

各种建模软件都可以，把缺失部分补上就能解决tleap中出现的问题。

作者
Author: linlinlinmi 时间: 2025-12-26 22:16
请问如果遇到了PDB中多条链被识别为一条的情况该怎么解决呢？我正在搭建多肽自组装模型，不希望它被识别成一条链。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)