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标题: 请教各位大神，常规动力学模拟全部正常进行，但是生成的md.gro显示盒子被放大的原因？ [打印本页]

作者
Author: root1 时间: 2023-11-18 21:21
标题: 请教各位大神，常规动力学模拟全部正常进行，但是生成的md.gro显示盒子被放大的原因？
我用packmol生成了一个2*2*2nm的盒子（含200个水，100个Na+,1个核苷酸）想要研究Na+与核苷酸之间的相互作用，采用的是cut-off方法，截断值设置的是0.8（测试过只能0.8），能量极小化正常进行，常规动力学也正常跑完（100ns），但是生成的md.gro文件里面最下面的盒子变成了15nm，文件在附件中

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-19 01:44
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如果跑的NPT，仔细用VMD看模拟过程的轨迹，并且把盒子画出来，弄清楚怎么回事

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