计算化学公社

标题: 请教能量极小化时提醒itp文件存在的问题 [打印本页]

作者
Author: Lingwei12138 时间: 2023-11-19 15:45
标题: 请教能量极小化时提醒itp文件存在的问题
本身是一个原子数大于200的多糖,所以在产生itp文件时没法使用LigParGen。
于是选择了另一个在线生成的TPPmktop（因为可以使用OPLS-AA力场），但是在进行能量极小化的时候才发现itp文件里出现了以下这行：
#error CORRECT VERSION OF FORCE FIELD [TPPREV_jun16] WAS NOT INCLUDED
经过搜索没能找到一些相关信息，想请问各位老师同学这个error是表示我的pdb文件不能通过这个力场生成itp文件吗，或者是否有更好的生成拓扑文件的方式，感谢。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-11-19 17:23
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#intro

几乎万能

作者
Author: Lingwei12138 时间: 2023-11-19 17:48

牧生发表于 2023-11-19 17:23
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#intro

几乎万能

谢谢您的回复！在考虑使用sobtop生成拓扑文件了。但是很想知道现在问题出在哪里～

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-21 02:54

Lingwei12138 发表于 2023-11-19 17:48
谢谢您的回复！在考虑使用sobtop生成拓扑文件了。但是很想知道现在问题出在哪里～

问一些难用的程序遇到的问题怎么解决没有意义，直接用一个更好用的程序就完了，楼上的说了，要么你就去问那个程序的作者。倘若用该用的程序遇到问题，才有问的价值，到时候把问题详细描述清楚

作者
Author: Lingwei12138 时间: 2023-11-28 09:21

sobereva 发表于 2023-11-21 02:54
问一些难用的程序遇到的问题怎么解决没有意义，直接用一个更好用的程序就完了，楼上的说了，要么你就去问 ...

好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromos等适合糖类的力场去生成拓扑文件?

作者
Author: Lingwei12138 时间: 2023-11-28 11:48

Lingwei12138 发表于 2023-11-28 09:21
好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromo ...

打扰sob老师啦,看了几篇文献知道要力场要修正,用修正的葡萄糖力场啦.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-28 23:56

Lingwei12138 发表于 2023-11-28 09:21
好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromo ...

是。
有专一性的力场一定要用专一性的，没有的时候才适合用GAFF

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