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标题: 求助GROMACS模拟六元环单一有机物体系出现npt过程崩溃的问题 [打印本页]

作者
Author: williamwyx 时间: 2023-11-19 22:32
标题: 求助GROMACS模拟六元环单一有机物体系出现npt过程崩溃的问题
老师们好，最近在尝试对单一组分的液相有机物体系进行分子动力学模拟，尝试了链烷烃和环烷烃，使用了gromacs自带的oplsaa全原子力场与基于ligpargen产生的itp与pdb文件。
我的模拟流程是em、nvt1、npt1、npt2后读取密度，但发现对于含有六元环的环烷烃会在npt2过程中出现关于键角的lincwarning。
尝试了减少分子个数，添加模拟退火，删除constraint，但都会崩溃，看了10个分子的xtc文件发现会存在分子瞬移，请问老师们这个是什么原因呢？
附件是我用的mdp和结构文件

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-21 02:45
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场和RESP电荷的拓扑文件，如果到时候还有问题，拓扑文件连同gro文件一起压缩后上传

em之后直接NPT就完了，NVT毫无必要。说清楚两个NPT各是干嘛

作者
Author: williamwyx 时间: 2023-11-21 10:02

sobereva 发表于 2023-11-21 02:45
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场和RESP电荷的拓扑文件，如果到时候还有问题 ...

sob老师好，两个npt主要是想第一个用来稳定至平衡，第二个用PR控压更好的控制压力来计算密度

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