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标题: 求助：VMD找不到showorb.vmd路径问题 [打印本页]

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 10:05
标题: 求助：VMD找不到showorb.vmd路径问题
通过以下步骤修改分子轨道图：
用cub文件在vmd作图
1.  将cub文件复制到vmd文件夹下，并重命名为 orb0000XX（orb000025/orb000125)

2.  打开vmd，在文本框里输入 1. source showorb.vmd       2. orb 25（125）

3.  复制这一段
color Name C tan
color change rgb tan 0.700000 0.560000 0.360000
material change mirror Opaque 0.15
material change outline Opaque 4.000000
material change outlinewidth Opaque 0.5
material change ambient Glossy 0.1
material change diffuse Glossy 0.600000
material change opacity Glossy 0.75
material change shininess Glossy 1.0
mol modcolor 1 top ColorID 12
mol modcolor 2 top ColorID 22
display distance -7.0
display height 10
light 3 on

我在第二步输入完source showorb.vmd 一直出现couldn't read file "showorb.vmd": no such file or directory
通过dir查找
2023/11/21  09:57 <DIR>       .
2023/11/20  21:45 <DIR>       ..
2023/11/21  09:55 <DIR>       doc
2020/11/16  14:52       30,944,456 embree3.dll
2020/11/18  05:39          203,248 optix.6.5.0.dll
2020/11/18  05:39       1,185,776 optixu.6.5.0.dll
2023/11/18  10:12       25,385,714 orb000025.cub
2020/11/16  14:48          293,888 ospray.dll
2020/11/16  14:49          137,216 ospray_common.dll
2020/11/16  14:51       6,691,328 ospray_module_ispc.dll
2023/11/21  09:55 <DIR>       plugins
2023/11/21  09:55 <DIR>       scripts
2023/11/21  09:55 <DIR>       shaders
2020/12/16  14:40          305,664 stride_WIN64.exe
2020/12/16  14:55          273,920 surf_WIN64.exe
2020/11/16  14:50          265,016 tbb.dll
2020/11/16  14:50          126,776 tbbmalloc.dll
2020/10/16  13:24       1,706,496 tcl86t.dll
2020/10/16  13:24       1,481,216 tk86t.dll
2023/11/21  09:55          88,783 uninst.exe
2021/06/30  13:50       11,617,792 vmd.exe
2020/12/16  01:23          1,812 vmd.rc
2023/11/21  09:55             63 VMD.url
            17 个文件    80,709,164 字节
            6 个目录 58,569,027,584 可用字节

标红文件是在的
和安装在C盘或D盘好像没有关系我重新下载安装了很多次在C盘也装过在D盘也装过都是出现这个问题

请问大家可以帮我解答一下这个问题吗？

作者
Author: xuhj199508 时间: 2023-11-21 10:31
把showorb.vmd这个文件放到VMD的安装目录了没？

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 13:09

xuhj199508 发表于 2023-11-21 10:31
把showorb.vmd这个文件放到VMD的安装目录了没？

放进去了！

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 13:10
都按上述步骤操作了还是不行 TAT

作者
Author: lyj714 时间: 2023-11-21 13:15
不要用官网那个1.9.4a的vmd。换成1.9.3的再试。

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 13:45

lyj714 发表于 2023-11-21 13:15
不要用官网那个1.9.4a的vmd。换成1.9.3的再试。

好的我去试试

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 16:20

lyj714 发表于 2023-11-21 13:15
不要用官网那个1.9.4a的vmd。换成1.9.3的再试。

还是不行！

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 16:21
还是这样怎么办啊啊

作者
Author: Petal 时间: 2023-11-21 16:46
好像需要在vmd.rc中编辑保存

作者
Author: pal 时间: 2023-11-21 17:02
看着不就是单纯没有找到文件么

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-21 18:48

Petal 发表于 2023-11-21 16:46
好像需要在vmd.rc中编辑保存

这是啥意思展开说说我对VMD一无所知。。。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-11-21 19:00

SiC77 发表于 2023-11-21 18:48
这是啥意思展开说说我对VMD一无所知。。。

在vmd.rc中加入这样一行

source D:/Professionalsofts/vmd/showcub.vmd

复制代码

source后面是你showcub.vmd的路径，自己改一下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 03:07
VMD命令行窗口里输入pwd，返回的目录是那个，脚本就放哪个目录下。要么就写全脚本的绝对路径

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-22 10:05

七尺贱发表于 2023-11-21 19:00
在vmd.rc中加入这样一行
source后面是你showcub.vmd的路径，自己改一下

是这样吗？
Info) VMD for WIN32, version 1.9.3 (November 30, 2016)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 20 CPUs detected.
Info) Free system memory: 2047MB (100%)
Info) OpenGL renderer: NVIDIA GeForce RTX 3060 Laptop GPU/PCIe/SSE2
Info) Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
Info) Full GLSL rendering mode is available.
Info) Textures: 2-D (32768x32768), 3-D (16384x16384x16384), Multitexture (4)
Info) Spaceball driver not installed. Spaceball interface disabled.
Info) No joysticks found. Joystick interface disabled.
Info) Dynamically loaded 75 plugins in directory:
Info) D:/VMD/plugins/WIN32/molfile
vmd > source D:/VMD/plugins/WIN32/molfile
couldn't read file "D:/VMD/plugins/WIN32/molfile": permission denied
vmd >

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-22 10:05
还是不行 VMD.RC是啥呀

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-22 10:07

sobereva 发表于 2023-11-22 03:07
VMD命令行窗口里输入pwd，返回的目录是那个，脚本就放哪个目录下。要么就写全脚本的绝对路径

我是放在这里的但是它好像就是查找不到这个文件
Info) VMD for WIN32, version 1.9.3 (November 30, 2016)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 20 CPUs detected.
Info) Free system memory: 2047MB (100%)
Info) OpenGL renderer: NVIDIA GeForce RTX 3060 Laptop GPU/PCIe/SSE2
Info) Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
Info) Full GLSL rendering mode is available.
Info) Textures: 2-D (32768x32768), 3-D (16384x16384x16384), Multitexture (4)
Info) Spaceball driver not installed. Spaceball interface disabled.
Info) No joysticks found. Joystick interface disabled.
Info) Dynamically loaded 75 plugins in directory:
Info) D:/VMD/plugins/WIN32/molfile
vmd > pwd
D:/VMD
vmd >

作者
Author: pal 时间: 2023-11-22 10:21
还是检查一下这个showorb.vmd是不是D:/VMD/showorb.vmd,还有这个文件名有没有被修改了，后缀是不是变了之类的

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-22 18:51

pal 发表于 2023-11-22 10:21
还是检查一下这个showorb.vmd是不是D:/VMD/showorb.vmd,还有这个文件名有没有被修改了，后缀是不是变了之类 ...

解决了！！！

作者
Author: SiC77 时间: 2023-11-22 18:51
谢谢大家！！靠多方信息终于解决！！
主要还是看了这个！http://sobereva.com/447

作者
Author: Petal 时间: 2023-11-23 08:43
在vmd安装目录中

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