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标题: 关于TranSiesta使用的一些问题 [打印本页]

作者
Author: rugals 时间: 2023-11-21 13:27
标题: 关于TranSiesta使用的一些问题
各位老师好，我在抱着Siesta手册硬啃了一阵之后终于掌握了其一些基础用法，现在开始转向TranSiesta的学习与使用。
关于TranSiesta的学习过程中遇到一些问题，恳请了解的老师予以指点。使用版本为Siesta 4.1.5.

1 TranSiesta的使用是先建模电极，然后把中间的扩散区分子结构放进去进行NEGF的计算。请问这期间的K点如何设置？
因为我在看使用手册的时候，手册有的地方说电极方向为半无限区域，k点要设的极大(默认100),但有的地方又说半无限方向设置k点为1.请问应该按照哪个来设定？

2 手册中设置电极部分提到screening distance，与之相关联的还有buffer atom(缓冲原子)。手册中说不建议使用半导体材料作为电极，因其screening distance太大。
请问screening distance的物理含义是什么？它和buffer atom有什么关系？计算时是否需要设定buffer atom？进一步地，扩散区的分子端部和电极原子的距离应该如何设置？是否应该设成电极原子和扩散区分子有化学键相连？(我看很多实例都是直接把扩散区分子端部的一部分当做电极)

3 计算电极时是否需要再进行几何优化？对电极的形状是否有要求？板形电极和锥形电极哪个更好一些？我是用的Materials Project上下载的铜单胞cif文件扩胞后当做电极，是否还需要几何优化？

4 TranSiesta计算的时候，特别是对电极计算的SCF有没有什么特殊要求？对MPI和编译方法有没有要求？我目前的Siesta是用Intel 17编译的。
我在计算非金属有机体系时能够正常计算单点，但计算上面提到的铜电极就会报错Bad DM normalization。上论坛搜了一下似乎是MPI编译的问题，17和18都会报错。
但我用了Intel 15编译后直接不识别原子坐标block了。请问Bad DM normalization这种报错一般是计算设置原因还是编译的原因？4.1.5的TranSiesta应当用什么编译？

作者
Author: 真步 时间: 2023-12-25 08:55
1.我们设置的K点是对电极设置的，传输方向需要设置100。K点设置需要根据布里渊区的大小判断，布里渊区越大取点越多，越小K取越小。布里渊区大小与几何空间大小成反比。所以小原胞大K点，大原胞小K点。如果原胞无限大，1K点。并且注意K一般取奇数，偶数和奇数减一是等效的。如果你是纳米带或者纳米线做电极，必定有一个方向有真空层，也就是不重复的，一般真空层都足够大K直接设1。算三维铜电极的话，可以建（111）5*5，K设置5*5*100，截断能150ha。对于扩展分子，软件使用5*5*1，就是这样。
2.我不知道是屏蔽层的意思，电极要选导电性良好的材料，不然收敛不了。靠感觉连，不放心的话可以FIX电极结构弛豫一下。
3.需要，电极形状随便，都可以。因为实际情况都可能出现，所以可以设计不同电极来讨论。我感觉锥形研究的多一些。还需要。但是从头到尾优化和从来不优化，大多数情况对结果没有质的改变。

作者
Author: rugals 时间: 2023-12-29 15:50

真步发表于 2023-12-25 08:55
1.我们设置的K点是对电极设置的，传输方向需要设置100。K点设置需要根据布里渊区的大小判断，布里渊区越大 ...

谢谢您的详细回答！

作者
Author: 四眼骷髅王 时间: 2024-3-7 19:34
请问这是什么问题了两个小时不动，是不是我编译出问题了

作者
Author: 真步 时间: 2024-3-27 16:12

四眼骷髅王发表于 2024-3-7 19:34
请问这是什么问题了两个小时不动，是不是我编译出问题了

我看不懂，因为我只会QATK

作者
Author: zhangbo11011 时间: 2025-6-6 17:50

真步发表于 2024-3-27 16:12
我看不懂，因为我只会QATK

您好，请问QATK可以衔接VASP的文件参数嘛？比如我VASP算好的体系，想测一下I-V，可以直接VASP文件导入QATK进行仿真嘛？

作者
Author: Ivy_cao 时间: 2025-8-19 16:45
你好！我看在你提出的用Transiesta计算电极的问题，我最近也正在学习这部分内容，正在做一些测试计算。比如，我先算了电极，然后在电极内侧和扩散取区中间加了缓冲原子的，用transiesta计算，但dQ值一直很难收敛，不知道什么原因，想请教下。期待回复！

作者
Author: 徐帅气 时间: 2025-8-20 16:26

zhangbo11011 发表于 2025-6-6 17:50
您好，请问QATK可以衔接VASP的文件参数嘛？比如我VASP算好的体系，想测一下I-V，可以直接VASP文件导入QAT ...

可以，VASP输出POSCAR或者CONTCAR文件，然后在QATK中file-导入-下拉菜单选择vasp（POSCAR*/CONTCAR*）文件类型-选择导入的文件就行。其他的QE，MS什么的也可以。

作者
Author: rugals 时间: 2025-8-26 15:12

Ivy_cao 发表于 2025-8-19 16:45
你好！我看在你提出的用Transiesta计算电极的问题，我最近也正在学习这部分内容，正在做一些测试计算。比 ...

没遇到过你这种情况，不过这软件本身挺玄学的，影响因素很多

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