计算化学公社

标题: 如何计算螺旋程度 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2023-11-21 13:53
标题: 如何计算螺旋程度
诸位老师好，小弟最近在模拟小分子的自组装，实验上观察到的是形成的柱状的螺旋结构，小弟建好初始模型进行动力学弛豫后，结构会稍稍偏离螺旋一点，用肉眼观察不明显，不知是否有什么参数之类的可以表示结构的螺旋程度？
小弟拜谢。

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-11-21 21:44
感觉不是个化学问题......?
也许可以先拿个螺旋的曲线拟合一下然后用原子坐标对曲线的坐标的均方根偏差描述，或者算个相关系数，不过这都是纯统计的数据特征了。广泛接受的描述还真不清楚。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 03:14
gmx helix可以计算蛋白质螺旋的很多参数，有的参数可以结合实际情况借用到你的体系的分析上。但需要自己写程序统计

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作者
Author: mol 时间: 2023-11-29 10:49

sobereva 发表于 2023-11-22 03:14
gmx helix可以计算蛋白质螺旋的很多参数，有的参数可以结合实际情况借用到你的体系的分析上。但需要自己写 ...

谢谢sob老师指点

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