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标题: gromacs 编译中 MPI 的选择 [打印本页]

作者
Author: zhyh 时间: 2016-9-26 09:53
标题: gromacs 编译中 MPI 的选择
集群里的 MPI 是 intel MPI, 安装 gromacs5.1.4并行版后无法进行并行计算，我已经在自己的目录下安装了 openmpi1.6.5，可以用这个 MPI 体系进行编辑和计算吗？
如果可以，命令是啥？如果不行，如何处理现在的情况？

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-9-26 09:56
可以啊，把openmpi的bin加到PATH里面
然后mpirun -np xxx gmx run -----

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-26 13:29
如果2L的做法还是调用的Intel MPI，你可以在bashrc里加入个alias，让mpirun命令直接指向你的openmpi的mpirun的绝对路径

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