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标题: 求助:RMSD最后3ns突变了2埃米 [打印本页]

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-22 00:01
标题: 求助:RMSD最后3ns突变了2埃米
跑到最后几纳秒，配体突然旋转了一下，RMSD突变了2埃米，这个重新跑有用吗？或者应该怎么处理啊，救助。
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前
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突变
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 03:32
只有埃，没有埃米

重跑是什么意思。倘若力场和模拟设置合理，本来配体和蛋白质结合就可能有不同朝向、位点，并且可能是不断相互变化的，模拟出来是什么样就是什么样。跑更长时间进一步观望

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-22 15:18

sobereva 发表于 2023-11-22 03:32
只有埃，没有埃米

重跑是什么意思。倘若力场和模拟设置合理，本来配体和蛋白质结合就可能有不同朝向、位 ...

感谢老师的指正。就是像图中那样在最后几纳秒突变，直接拿来作为图审稿人可能要问，我想按照原来设置的参数重新运行一次分子动力学模拟，看看这个突变能不能提前出现或者延后出现。这样可行吗？

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-22 15:43

lzy233 发表于 2023-11-22 15:18
感谢老师的指正。就是像图中那样在最后几纳秒突变，直接拿来作为图审稿人可能要问，我想按照原来设置的参 ...

你的50ns明显不稳定，这不是最后几纳秒的问题，是体系本身不稳定。并且50ns太少了，发不了好文章的，建议跑200ns，赶时间的话也至少跑100ns。

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-22 15:48

Azrael 发表于 2023-11-22 15:43
你的50ns明显不稳定，这不是最后几纳秒的问题，是体系本身不稳定。并且50ns太少了，发不了好文章的，建议 ...

感谢提醒，关于体系稳定方面有相关的教程吗，想重新弄一下

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-22 16:01
体系的稳定取决你的配体与周围氨基酸的相互作用，而周围氨基酸是你对接所决定的，建议在对接时使用薛定谔或者MOE对蛋白进行优化，并且采取不同的对接POSE都试一下，所采取的POSE最好与已经报道的晶体小分子作用方式。如果MD一直不稳，而缺少实验数据，则可推断该分子与蛋白无相关活性，尝试设计新的分子吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 19:14

lzy233 发表于 2023-11-22 15:48
感谢提醒，关于体系稳定方面有相关的教程吗，想重新弄一下

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-22 20:49
本帖最后由 lzy233 于 2023-11-23 09:01 编辑

Azrael 发表于 2023-11-22 16:01
体系的稳定取决你的配体与周围氨基酸的相互作用，而周围氨基酸是你对接所决定的，建议在对接时使用薛定谔或 ...

谢谢，使用处理后确实稳定很多了。

作者
Author: lzy233 时间: 2023-11-22 20:53

sobereva 发表于 2023-11-22 19:14
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.kei ...

谢谢社长，我找到原因了的，就是蛋白质预处理不是很好。

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-23 10:20

sobereva 发表于 2023-11-22 19:14
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.kei ...

好文章，给社长点赞

作者
Author: wmy1217 时间: 2024-1-6 21:50

lzy233 发表于 2023-11-22 20:49
谢谢，使用处理后确实稳定很多了。

您好，想问下您是怎么处理这个蛋白得到改善的呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)