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标题: Gromacs+CP2K QM/MM模拟时报错 [打印本页]

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Author: bht 时间: 2023-11-22 14:44
标题: Gromacs+CP2K QM/MM模拟时报错
本帖最后由 bht 于 2023-11-22 14:56 编辑

各位老师好，我最近想要进行一个金属蛋白酶的活性预测，因此安装了其他老师用singularity打包好的gromacs_CP2K程序。运行QM/MM模拟时，我将活性中心的120个原子（活性中心的氨基酸残基以及CU离子，H20作为QMatoms组），可是进行真空中能量最小化的时候报错。
1.指令 singularity exec /Dell/Dell14/bianht/gromacs_cp2k/gromacs_cp2k-f.sif gmx_cp2k grompp -f em-vac-pme.mdp -c PM1-H2O.gro -p PM1-H2O.top -o em-vac-pm1-h2o.tpr -n index-pm1-h2o.ndx -maxwarn 4 生成tpr文件时，说点和不符合标准，提示在QM区域将-0.048的电荷分散，具体上传在附件。但是依旧可以生成tpr文件。
2.接着进行用生成的tpr文件，进行真空中能量最小化，指令如下 singularity exec /Dell/Dell14/bianht/gromacs_cp2k/gromacs_cp2k-f.sif gmx_cp2k mdrun -v -deffnm em-vac-pm1-h2o -ntomp 64
，但是如附图中报错。请问老师是什么原因呢。
3.并且请问老师一般设置QM的原子多少合适，是不是设置太多了？如果想要计算1.酶的结构稳定性。2.酶的活性，一般有什么推荐的计算方法吗？为什么CP2K单用相较于CP2K—gromacs连用有什么区别吗，CP2K不是也可以计算MM吗？
非常感谢老师们的解答。

改为这个指令singularity exec /Dell/Dell14/bianht/gromacs_cp2k/gromacs_cp2k-f.sif /opt/openmpi/bin/mpiexec -n 8 gmx_cp2k mdrun -v -deffnm em-vac-pm1-h2o -ntomp 4，没有一开始的报错，但是似乎任然没有运行起来？新输出了out文件，表明卡在qmmm_env_creat在步骤了

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