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标题: 求助二聚体势能面角度扫描 [打印本页]

作者
Author: Yura 时间: 2023-11-22 14:54
标题: 求助二聚体势能面角度扫描
求问，对于如下二聚体，如果想扫描原子9-12-11之间的角度该怎么处理？
借助虚原子可以实现吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-11-22 16:48
“原子9-12-11之间的角度”你只说了3个原子，我默认你想扫描键角，这个不需要什么虚原子，直接扫描即可。如果你还想固定9-12的距离，那就加个距离限制。如果哪里还觉得有困难/困惑可以提出

作者
Author: Yura 时间: 2023-11-22 17:02
谢谢！是的，想扫描键角，但是使用刚性扫描时，原子12与9直接没有成键。
所以，修改了z-matrix之后，scan时右边分子会散，不收敛。是因为扫描这个角度时，很多单个分子内相关角度、键长也发生变化了？
还有一个问题就是，怎么实现xy平面的rigid scan呢？谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-11-22 17:40

Yura 发表于 2023-11-22 17:02
谢谢！是的，想扫描键角，但是使用刚性扫描时，原子12与9直接没有成键。
所以，修改了z-matrix之后，scan ...

如果是刚性扫描，那你直接GaussView里调整键角产生一系列目标结构，然后分别算单点就行了，没多少结构。。。倒也不一定要依靠Gaussian的关键词实现，树挪死人挪活嘛

作者
Author: Yura 时间: 2023-11-22 17:55
是的，就是这么干了，但是很好奇有没有简单点的方式。

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