计算化学公社

标题: AMBER是否含有放射性核素（比如F18）分子力场 [打印本页]

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-22 15:38
标题: AMBER是否含有放射性核素（比如F18）分子力场
各位老师好，含有放射性核素的分子往往能够靶向肿瘤细胞，我打算挑一些肿瘤的受体与已报道的放射性核素分子对接，并用分子动力学去评估结合的稳定性，这个想法是否可行呢，恳请各位老师不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 15:52
单纯说力场，把原子质量改一下就可以

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-22 16:27
本帖最后由 Azrael 于 2023-11-22 16:40 编辑

sobereva 发表于 2023-11-22 15:52
单纯说力场，把原子质量改一下就可以

社长大大，分子里的F的质量改成19是容易的。学生还想请教您，比如我在帖子一楼放的那个含有Ga68的那个分子，amber14sb.ff的atomtypes.atp中没有Ga这个稀有金属，分子用ORCA优化的话是用Ga68还是Ga70呢，建模时也需要利用Metal Center Parameter Builder (MCPB)，在这个过程中我也需要将Ga68改成70吗？或者您有推荐的关于含有稀有金属分子建模的教程吗？非常感谢～

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-22 16:56

Azrael 发表于 2023-11-22 09:27
社长大大，分子里的F的质量改成19是容易的。学生还想请教您，比如我在帖子一楼放的那个含有Ga68的那个分 ...

优化时不需要知道原子质量，计算根本不用这个信息。类似地，RESP电荷等计算也不需要原子质量。只要跑MD的时候原子质量正确即可。仔细阅读http://sobereva.com/423了解哪些计算步骤不需要知道正确的原子质量，哪些计算步骤需要
不要凡事求教程，应该先自行把你手头的问题拆解成若干小问题，直到每个小问题都有对应的教程，再做

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-22 17:19

wzkchem5 发表于 2023-11-22 16:56
优化时不需要知道原子质量，计算根本不用这个信息。类似地，RESP电荷等计算也不需要原子质量。只要跑MD的 ...

非常感谢wzk大佬的指教，学生没有做过同位素体系，所以问题过于幼稚简单了点，再次感谢您的答复！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)