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标题: NPT平衡出错 [打印本页]

作者
Author: Soulmate 时间: 2023-11-22 15:43
标题: NPT平衡出错
本帖最后由 Soulmate 于 2023-11-22 15:47 编辑

大家好，想请教大家一个问题：
我在进行NPT平衡时，采用的时如下命令：
      gmx grompp -f md_heat_NPT.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o npt.tpr

输出结果如下图：

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

   然后输入命令 gmx mdrun -deffnm npt，结果如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 11)


但是，工作目录没有NPT.gro文件生成，只有如下文件生成：
(, 下载次数 Times of downloads: 12)


且，我输入gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg，查看生成的pressure.xvg文件，压力平衡图如下图所示：

(, 下载次数 Times of downloads: 12)

请教一下大家，为什么我没有得到NPT.gro文件，且压力平衡图为什么这么奇怪呢？

我的md_heat_NPT.mdp相信信息如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 06:52
不要让windows隐藏文件后缀，搞清楚那个叫npt的文本文档是什么东西

作者
Author: Soulmate 时间: 2023-11-27 15:58

sobereva 发表于 2023-11-24 06:52
不要让windows隐藏文件后缀，搞清楚那个叫npt的文本文档是什么东西

好的，谢谢社长，重新跑了一下，又生成了，感觉很奇怪

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