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标题: 聚集体几何结构优化慢的问题 [打印本页]

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2023-11-22 15:53
标题: 聚集体几何结构优化慢的问题
本帖最后由 ZHUOHAO 于 2023-11-30 19:11 编辑

各位老师请教下：
初次尝试使用CP2K对聚集体进行几何优化，这是提交任务两天的输出结果，自己手动结束了任务，inp文件是通过Multiwfn产生的。感觉算的有点慢，不知道是不是输入文件里哪里有问题还是单胞里的片段太多的原因。恳请各位老师指教！谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 06:54
1776原子能不慢才怪，用的还是奇怪的CPU
这种体系用PBE必须加D3
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2023-11-25 10:33

sobereva 发表于 2023-11-24 06:54
1776原子能不慢才怪，用的还是奇怪的CPU
这种体系用PBE必须加D3
仔细看

谢谢老师指点！我后续调整下CPU的问题，那请问老师，我现在这个体系用原胞算更好是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-26 02:23

ZHUOHAO 发表于 2023-11-25 10:33
谢谢老师指点！我后续调整下CPU的问题，那请问老师，我现在这个体系用原胞算更好是吗？

如果没有特殊原因，能用原胞当然用原胞，原子数少，计算显然快得多

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2023-11-27 09:12
本帖最后由 ZHUOHAO 于 2023-12-2 15:23 编辑

sobereva 发表于 2023-11-26 02:23
如果没有特殊原因，能用原胞当然用原胞，原子数少，计算显然快得多

那请问老师，您一般用什么软件转换原胞？我现在用material studio转换原胞，软件不显示原胞转换的操作，不太清楚是为什么转换不了或是说明导入的文件已经是原胞形式了？ (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-27 23:30

ZHUOHAO 发表于 2023-11-27 09:12
那请问老师，您一般用什么软件转换原胞？我现在用material studio转换原胞，软件不显示原胞转换的操作， ...

实验给你的晶体结构都是原胞（或者惯用胞），不会给你超胞。超胞是自己出于实际需要才去构建的。没有理由从超胞自行转化成原胞。另外，一个很大的晶胞未必就是超胞，许多分子晶体的原胞就是可能很大，没法约化成更小的重复单元。

我不用M$

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2023-11-28 09:49
本帖最后由 ZHUOHAO 于 2023-11-28 09:55 编辑

sobereva 发表于 2023-11-27 23:30
实验给你的晶体结构都是原胞（或者惯用胞），不会给你超胞。超胞是自己出于实际需要才去构建的。没有理由 ...

好的，谢谢sob老师。D3校正已经加上，那可以请您帮忙看一下这个输入文件还有哪里需要调整的地方吗

#Generated by Multiwfn
&GLOBAL
  PROJECT cp2k-go
  PRINT_LEVEL LOW
  RUN_TYPE GEO_OPT
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &SUBSYS
&CELL
   A 35.67300000    0.00000000    0.00000000
   B    0.00000000 30.26500000    0.00000000
   C    0.00000000    0.00000000 36.08200000
   PERIODIC XYZ #Direction(s) of applied PBC (geometry aspect)
&END CELL
&COORD
   原子坐标
&END COORD
&KIND C
   ELEMENT C
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q4
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND H
   ELEMENT H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND N
   ELEMENT N
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q5
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND Zn
   ELEMENT Zn
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
&KIND Cl
   ELEMENT Cl
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q7
   POTENTIAL GTH-PBE
&END KIND
  &END SUBSYS

  &DFT
BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
# WFN_RESTART_FILE_NAME Zn4-go-RESTART.wfn
CHARGE 0 #Net charge
MULTIPLICITY 1 #Spin multiplicity
&QS
   EPS_DEFAULT 1.0E-12 #Set all EPS_xxx to values such that the energy will be correct up to this value
&END QS
&POISSON
   PERIODIC XYZ #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
   PSOLVER PERIODIC #The way to solve Poisson equation
&END POISSON
&XC
   &XC_FUNCTIONAL PBE
   &END XC_FUNCTIONAL
   &VDW_POTENTIAL
      POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
      PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
      TYPE DFTD3(BJ)
      REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
      &END PAIR_POTENTIAL
   &END VDW_POTENTIAL
&END XC
&MGRID
   CUTOFF  400
   REL_CUTOFF  55
&END MGRID
&SCF
   MAX_SCF 128
   EPS_SCF 1.0E-06 #Convergence threshold of density matrix of inner SCF
#    SCF_GUESS RESTART #Use wavefunction from WFN_RESTART_FILE_NAME file as initial guess
   &DIAGONALIZATION
      ALGORITHM STANDARD #Algorithm for diagonalization
   &END DIAGONALIZATION
   &MIXING #How to mix old and new density matrices
      METHOD BROYDEN_MIXING #PULAY_MIXING is also a good alternative
      ALPHA 0.4 #Default. Mixing 40% of new density matrix with the old one
      NBROYDEN 8 #Default is 4. Number of previous steps stored for the actual mixing scheme
   &END MIXING
   &PRINT
      &RESTART #Note: Use "&RESTART OFF" can prevent generating .wfn file
      BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backup copies of wfn file. 0 means never
      &END RESTART
   &END PRINT
&END SCF
  &END DFT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &GEO_OPT
TYPE MINIMIZATION #Search for minimum
KEEP_SPACE_GROUP F #If T, then space group will be detected and preserved
OPTIMIZER BFGS #Can also be CG (more robust for difficult cases) or LBFGS
&BFGS
   TRUST_RADIUS 0.2 #Trust radius (maximum stepsize) in Angstrom
#    RESTART_HESSIAN T #If read initial Hessian, uncomment this line and specify the file in the next line
#    RESTART_FILE_NAME to_be_specified
&END BFGS
MAX_ITER 500 #Maximum number of geometry optimization
MAX_DR 3E-3 #Maximum geometry change
RMS_DR 1.5E-3 #RMS geometry change
MAX_FORCE 4.5E-4 #Maximum force
RMS_FORCE 3E-4 #RMS force
  &END GEO_OPT
  &PRINT
&TRAJECTORY
   FORMAT xyz
&END TRAJECTORY
&RESTART
   BACKUP_COPIES 0 #Maximum number of backing up restart file, 0 means never
&END RESTART
  &END PRINT
&END MOTION

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 00:03

ZHUOHAO 发表于 2023-11-28 09:49
好的，谢谢sob老师。D3校正已经加上，那可以请您帮忙看一下这个输入文件还有哪里需要调整的地方吗

没有明显问题。用OT有可能会令总耗时更低。

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2023-11-29 17:24

sobereva 发表于 2023-11-29 00:03
没有明显问题。用OT有可能会令总耗时更低。

好的，非常感谢老师指点

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)