计算化学公社

标题: 求助gromacs直接提取分子质心坐标 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2023-11-22 16:06
标题: 求助gromacs直接提取分子质心坐标
问题：利用gmx make_ndx能不能直接提取分子质心坐标，还是说只能把相同残基名的原子提取出来，然后自己写个脚本把原子坐标按照质量权重做个加和。其他的方式能不能让gmx直接提取质心坐标

作者
Author: thor 时间: 2023-11-23 10:48
MDanalysis应该可以

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 06:58
跟make_ndx没直接关系
VMD里measure center [atomselect top 选择语句] weight mass一行命令就得到了，没法更简单

不会写选择语句的话看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: sungl123456 时间: 2023-11-24 15:15

sobereva 发表于 2023-11-24 06:58
跟make_ndx没直接关系
VMD里measure center [atomselect top 选择语句] weight mass一行命令就得到了，没 ...

好吧，感谢sob老师

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