计算化学公社

标题: cp2k的CI-NEB识别replica疑问及CPASSERT failed报错 [打印本页]

作者
Author: Rosefinch 时间: 2023-11-22 21:29
标题: cp2k的CI-NEB识别replica疑问及CPASSERT failed报错
本人初次尝试cp2k的CI-NEB过渡态搜索计算，遇到了一点问题和疑问想向大家请教以下。
我在进行含自由基分子在金属表面移动并与金属成键的过渡态搜索，利用multiwfn生成了CI-NEB的输入文件（做了点修改），并设置：NUMBER_OF_REPLICA 3 及 NPROC_REP 12，应该就是插入3个点（可能太了少，只是作为尝试），并且每个点分配12个核进行计算。然后我按照sob老师说的利用sobNEB生成了一系列插点，选取了3个生成xyz文件与 init.xyz 和 final.xyz 按顺序写入inp文件中，见图1。
1.请问输入文件中手动插入的这5个replica，cp2k如何正确的识别哪个是初末态，以及是否会认为这1.xyz 2.xyz 3.xyz就是我设置的3个插入点的初猜结构？
2.当我将该neb-1.inp (我把输入文件附在了下面)投入计算时，出现了如图2所示未知报错。随后我将手动插入的1.xyz 2.xyz 3.xyz replica信息从输入文件删除，只保留init.xyz 和 final.xyz后便可正常进行计算。请问这个报错是什么原因导致的呢？我该如何利用这三个xyz文件作为我过渡态的初猜呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4)

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 07:15
1 第一个就是反应物结构，最后一个就是产物结构，中间的就是二者之间的结构，按顺序排

2 注意检查原子数、原子顺序是否对应

作者
Author: Rosefinch 时间: 2023-11-24 13:06

sobereva 发表于 2023-11-24 07:15
1 第一个就是反应物结构，最后一个就是产物结构，中间的就是二者之间的结构，按顺序排

2 注意检查原子数 ...

好的，谢谢sob老师，我发现是我输入文件里设置的replica数量超过了NUMBER_OF_REPLICA设置的值才造成了如上报错，就是说如果我要在inp文件里设置init、1、2、3、final 5个xyz的replica的话我得把NUMBER_OF_REPLICA设置成5才能正常跑。。。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)