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标题: 如何控制蛋白质的多亚基组装 [打印本页]

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Author: chuxuezhe 时间: 2023-11-22 22:25
标题: 如何控制蛋白质的多亚基组装
各位老师好，蛋白质受体蛋白为3个亚基组成的6聚体（A2B2C2）。知道每个亚基的具体结构，仅能从文献中知道每个亚基在整个蛋白中的相对位置。需要获得整个受体蛋白结构。
尝试用MOE软件中的蛋白质对接方法逐步构建蛋白质复合物，发现100次结构搜索也无法搜索到对应结构。估计6聚体结构相互影响，其中每2个结构都不会是能量较低的状态。

因此按照文献中相对位置的描述先摆放亚基到差不多的位置，然后考虑对蛋白质亚基的精细操作。目前的问题：
1.有没有精细控制蛋白质亚基位置的软件？如2个亚基1个不动，另外1个仅发生某一个方向（x/y/z）的平移/旋转来搜索2个亚基可能组成的复合物结构
2.或者是说应该直接考虑多个蛋白质亚基的对接？如直接丢给alpha-fold算复合物结构，或者有类似的程序

麻烦各位老师指导，是否有类似的软件、教程或者文献。
谢谢。

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