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标题: Gromacs计算RMSD的参考选择最后一帧合理吗？ [打印本页]

作者
Author: yaoshi1206 时间: 2023-11-22 23:26
标题: Gromacs计算RMSD的参考选择最后一帧合理吗？
本帖最后由 yaoshi1206 于 2023-11-22 23:28 编辑

请教老师们一个问题，在gmx 的配体（ligand）与蛋白骨架（backbone）的RMSD计算中，选择模拟剂的最后一帧作为参考合理吗？初始的复合物是通过分子对的方式得到的，在模拟剂过程中配体分布到更合适的构型。

作者
Author: Azrael 时间: 2023-11-23 16:47
不合理啊朋友，你的RMSD目的就是看在一定尺度内是否能够稳定收敛，你这个图就是以最后一帧做得吧，很显然跟你的初始构象相差很大，我建议你优化下蛋白，不行的话重新挑一个对接POSE，并且把时间拉长到200ns看看效果

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 07:09
取决于你算RMSD想干嘛
用最后一帧算RMSD也有人这么做，参考J. Chem. Phys., 109, 10115 (1998)

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