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标题: 求助：蛋白质与小分子作用过程中由于pbc造成的蛋白质与抗生素脱离的影响问题 [打印本页]

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Author: Baizigui 时间: 2023-11-23 13:38
标题: 求助：蛋白质与小分子作用过程中由于pbc造成的蛋白质与抗生素脱离的影响问题

   各位老师好，我目前尚接触分子模拟没多久，在做蛋白质与抗生素分子相互作用过程的模拟，体系包含1个蛋白质主链，2个多肽链，14个氨基酸以及16个抗生素分子，目的是研究抗生素分子与蛋白质主链、多肽链以及氨基酸两组分子之间的相互作用力。
   体系共5w原子，时长100ns，每隔100ps提取一帧，pbc修复命令使用的是 -mol 。但是观察到第748帧开始到780帧这段时间，蛋白质因为pbc从一边跑到了另一边，但是蛋白质里面结合的抗生素却没有一起跑过去，留在原地，然后就造成了模拟后期不少抗生素分子飘在外面，并没有和蛋白质在一起，会不会对模拟的结果造成影响，因为他们按照实际来说是会一直吸附在一起的，一直产生相互作用，但是由于pbc他们分开了，不知道还会不会有相互作用。
   我想知道这是否会对抗生素分子与蛋白质分子之间的作用力造成影响，会不会对后续的作用力分析有不良的后果。希望各位老师能给我一些建议，谢谢。

   结构文件和轨迹文件由于过大以百度网盘的形式提供，麻烦各位老师。
   轨迹与结构文件

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