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标题: 求助：VMD脚本输出的原子坐标与设定的范围不一致 [打印本页]

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作者
Author: chieko    时间: 2023-11-23 18:16
标题: 求助：VMD脚本输出的原子坐标与设定的范围不一致


我对一个体系中的水（SOL）用VMD做氢键分析，我只需要measure给定范围内的水（z1-z2）形成的氢键，然后把所有氢键的供体的H原子和受体氧原子的坐标输出即可。
问题在于，输出的原子的z坐标与脚本中指定的不对应。例如下面希望水在（120,130）的z范围内，但是结果中z的范围基本上只在120-125左右。——当然我的体系中120-130部分肯定是有水的。
改变z1，z2，结果中z坐标范围也会变化至（z1，z1+5左右）的范围，很奇怪。脚本本身明明也很简单。。。
请Sob老师和大家帮我看看是怎么回事，谢谢！
脚本如下，输出文件见附件。

1. set z1 120
   
2. set z2 130
   
3. set fps1 99000
   
4. set fps2 100000
   
5. set output "5nm_hbs_coord.txt"
   
6. set outputFile [open $output "w"]
   
7. 
   
8. for {set frame $fps1} {$frame <= $fps2} {incr frame} {
   
9. animate goto $frame
   
10. set selection [atomselect top "resname SOL and (z >= $z1) and (z <= $z2)"]
    
11. set hbonds [measure hbonds 3.5 40 $selection]
    
12. foreach hbond $hbonds {
    
13.         set donor [lindex $hbond 0]
    
14.         set hydrogen [lindex $bond 2]
    
15.         set acceptor [lindex $hbond 1]
    
16. 
    
17.         set h_coord [[atomselect top "index $hydrogen" frame $frame] get {x y z}]
    
18.         set a_coord [[atomselect top "index $acceptor" frame $frame] get {x y z}]
    
19. 
    
20.         set h_coord [lindex $h_coord 0]
    
21.         set a_coord [lindex $a_coord 0]
    
22. puts $outputFile "[format "%.3f %.3f %.3f %.3f %.3f %.3f" {*}$h_coord {*}$a_coord]"
    
23.     }
    
24.     $selection delete
    
25. }
    
26. close $outputFile

复制代码

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作者
Author: Loading0760    时间: 2023-11-24 12:07
会不会是第14行
        set hydrogen [lindex $bond 2]
这里的变量应该是$hbond。
不是很懂tcl，仅提出自己猜测。

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