计算化学公社

标题: Gaussian计算，过渡态能量比反应物的能量低 [打印本页]

作者
Author: 小书童 时间: 2016-9-27 18:25
标题: Gaussian计算，过渡态能量比反应物的能量低
如题，计算一个反应，统计能量的时候发现，过渡态的能量比反应物的能量还低，计算文件上传至附件，麻烦各位老师帮忙看下，多谢！

作者
Author: helpme 时间: 2016-9-27 19:22
看看是不是这个问题：
http://blog.sciencenet.cn/blog-482864-860859.html

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-27 20:40
你的关键词里int=ultrafine对B3LYP几乎没用。另外根据下表可见你的活化能只有1 kcal/mol 左右，这个活化能很小，优化水平下的能量也没有这个问题，用B3LYP/6-31G(d)水平的几何结构很可能并不能描述如此精确的差异，况且你根本没有考虑溶剂化问题，也没有做D3校正，这些细节不做想把活化能算准到1 kcal/mol 本来就不太可能。B2PLYP/def2-TZVP//B3LYP/6-31G(d)也不太匹配，后者基本是量化的最低级别了，单点直接上了双杂化；计算量有富余的话用B2PLYP/def2-QZVPP//M06-2X/TZVP比较顺眼。

(, 下载次数 Times of downloads: 91)

作者
Author: 小书童 时间: 2016-9-27 20:43
本帖最后由小书童于 2016-9-27 20:55 编辑

liyuanhe211 发表于 2016-9-27 20:40
你的关键词里int=ultrafine对B3LYP几乎没用。另外根据下表可见你的活化能只有1 kcal/mol 左右，这个活化能 ...

多谢李老师，太贴心了，赞赞赞！在以后的计算过程中一定注意基组搭配的问题及其他细节。B2PLYP/def2-TZVP已经算了一天，估计B2PLYP/def2-QZVPP算不动，算结构的时候以后用您说的搭配去算。对于关键词里int=ultrafine对B3LYP几乎没用，为什么呢，我记得sob老师说过int=ultrafine对密度泛函计算总是有益的，是对B3LYP的帮助比较小吗?

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-27 21:48

小书童发表于 2016-9-27 20:43
多谢李老师，太贴心了，赞赞赞！在以后的计算过程中一定注意基组搭配的问题及其他细节。B2PLYP/def2-TZVP ...

int=ultrafine对明尼苏达系列才比较显著，对B3LYP有用很罕见。
双杂化这么吃力要么就去ORCA里用RI双杂化，要么就换M06-2X-D3/def2-TZVP//B3LYP/def-SV(P)就行了，这水平不满意就单点再加个弥散有益能垒，也没什么可说的。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-9-27 22:07

liyuanhe211 发表于 2016-9-27 21:48
int=ultrafine对明尼苏达系列才比较显著，对B3LYP有用很罕见。
双杂化这么吃力要么就去ORCA里用RI双杂化 ...

恩恩，多谢李老师指点

作者
Author: kevin 时间: 2016-9-29 08:52

liyuanhe211 发表于 2016-9-27 21:48
int=ultrafine对明尼苏达系列才比较显著，对B3LYP有用很罕见。
双杂化这么吃力要么就去ORCA里用RI双杂化 ...

李老师，有意能垒是什么意思呢？我也遇到了选择基组的问题，我的计算里，用第一种方式b3lyp/6-31+G（d,p）和第二种方式M062x/def2-tzvp//b3lyp/6-31G(d)能量差很多，决速步后者较前者高出70多kJ/mol。我该如何选择基组呢？谢谢李老师。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-29 09:03

kevin 发表于 2016-9-29 08:52
李老师，有意能垒是什么意思呢？我也遇到了选择基组的问题，我的计算里，用第一种方式b3lyp/6-31+G（d,p ...

70 kJ肯定你算错了

作者
Author: kevin 时间: 2016-9-29 11:30

liyuanhe211 发表于 2016-9-29 09:03
70 kJ肯定你算错了

算错了？是什么意思？过渡态不对么？还是计算方法的问题？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-29 12:24

kevin 发表于 2016-9-29 11:30
算错了？是什么意思？过渡态不对么？还是计算方法的问题？

可能性很多，得看具体的做法、输出判断。两种方法的活化能差这么多根本不正常，B3LYP不准也不到这种程度

作者
Author: 小书童 时间: 2016-10-7 18:31

liyuanhe211 发表于 2016-9-27 20:40
你的关键词里int=ultrafine对B3LYP几乎没用。另外根据下表可见你的活化能只有1 kcal/mol 左右，这个活化能 ...

李老师，您说的M06-2X/TZVP中的TZVP是指def-tzvp还是def2-tzvp？还有您推荐的B2PLYP/def2-QZVPP//M06-2X/TZVP这个搭配，有类似的文章做为参考文献吗？我写的时候引用一下！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-7 22:43

小书童发表于 2016-10-7 18:31
李老师，您说的M06-2X/TZVP中的TZVP是指def-tzvp还是def2-tzvp？还有您推荐的B2PLYP/def2-QZVPP//M06-2X/ ...

TZVP一律指def-TZVP
def2TZVP算单点才用得着

作者
Author: 小书童 时间: 2016-10-7 22:53

sobereva 发表于 2016-10-7 22:43
TZVP一律指def-TZVP
def2TZVP算单点才用得着

多谢sob老师，我做的这个方向很多都是b3lyp/6-31g(d)，对于采用M06-2X/TZVP还没看到过类似的文章，老师您看的文章多，能给我推荐几篇用李老师说的方法和基组组合的文章吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-8 02:59

小书童发表于 2016-10-7 22:53
多谢sob老师，我做的这个方向很多都是b3lyp/6-31g(d)，对于采用M06-2X/TZVP还没看到过类似的文章，老师您 ...

和M06-2X/TZVP比B3LYP/6-31G(d)顶多算是个初猜，渣渣方法快、算上历史时期电脑不好+不懂的使用者惯性当然见得多。要引用直接去引涉及相应方法的benchmark文献就可以。

作者
Author: 小书童 时间: 2016-10-8 08:17

liyuanhe211 发表于 2016-10-8 02:59
和M06-2X/TZVP比B3LYP/6-31G(d)顶多算是个初猜，渣渣方法快、算上历史时期电脑不好+不懂的使用者惯性当然 ...

老师我就是那个不懂得外行，您说引用去找对应方法的基准文献，是找提出这个方法或者基组的文章吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)